廈門大學國學院衝突的另一要因，是來自校方及理科的壓迫。在魯迅與顧頡剛的矛盾被降溫後，一些學人將批判矛頭主要指向了校長林文慶和理科主任兼校長秘書劉樹杞，尤其是關於林語堂的各種傳記，多持此說。
魯迅離開廈門大學時，廈大學生認為是校方容不得魯迅，除校長林文慶外，辦理行政事務的劉樹杞應負主要責任，因而發動反劉風潮。加上教員中閩南派與外省派的矛盾，劉樹杞不得不隨之離校，前往武漢大學任職。魯迅本人也說過廈大“理科也很忌文科，正與北大一樣”。[1]不過，突出魯迅與劉樹杞的矛盾，有被林語堂的一麵之詞所誤導之嫌。[2]此事須跳出衝突各方的矛盾糾葛，從當時整個中國的學術發展背景著眼觀察。
拋開與“現代評論”派的矛盾，魯迅對廈門大學的印象一開始便不大好，以後則更加壞。其形容該校的名言，是“硬將一排洋房，擺在荒島的海邊上”。[3]他認為該校沒有人才，缺乏計劃，校長尊孔，學生太沉靜，教員則大行“惟校長之喜怒是伺，妒別科之出風頭，中傷挑眼”的“妾婦之道”。與北京相比，是同樣汙濁的小溝。[4]這固然表現了魯迅本人一貫的犀利言鋒，但對於廈門大學及國學院的主辦者而言，則有失公允。
廈大由愛國華僑陳嘉庚獨力承辦，在當時的中國實為創舉。他請林文慶擔任校長，從教育的角度看未必最佳，人事安排上卻自有依據。林文慶為新加坡著名僑領，是新加坡曆史上第一位獲得英女王獎學金的華人，畢業於英國愛丁堡大學醫學院，擔任海峽殖民地立法會議員。19世紀末到20世紀初，他先後參與了孫中山、康有為等人領導的革命及勤王活動，與國內政界發生聯係。[5]民初又曾擔任南京臨時政府官員。其主持校政期間，所聘教授多為一時之選。如博物院主任秉誌，美國康乃爾大學農學院動物專業畢業獲博士學位後，到聲名最著的賓夕法尼亞大學Wister生物研究所研究解剖學三年，歸國後曾任南京高師（東南大學）教授，並在南京中國科學社辦博物院。[6]他“講學之時即建立最高之標準，自始即提倡研究”[7]，在中國自然科學界為繼北大地質係之後開風氣之先者，其培養的學生名家輩出，多為中國生物學界重鎮。此人不僅學問上佳，而且為了學術事業不惜犧牲個人。他後來擔任南京科學社生物研究所和北平靜生生物調查所事務，將自己收入的半數貼在裏邊，往來北平、南京多坐二等車，有時坐三等，刻苦程度為人所不及。[8]1935年1月，胡適向陳濟棠說明“現在中國的科學家也有很能做有價值的貢獻的了，並且這些第一流的科學家又都有很高明的道德”，隨口所舉的四位科學家中，就有“生物學家的秉誌”。[9]新中國成立後，曾擬邀其出任科學院院長。