陳寅恪雖然在20世紀40年代聲稱其不治晚清史，但晚清史的概念在當時並不等於近代史。而陳寅恪的主要研究領域在相當長的時期內至少包含時人公認的近代史。
陳寅恪關於近代史的看法，為人引述最多者，恐怕要數寫於1933年的《馮友蘭中國哲學史下冊審查報告》所謂：“寅恪平生為不古不今之學，思想囿於鹹豐同治之世，議論近乎曾湘鄉張南皮之間。”[1]這段話乍看意思顯然，其實玄機隱伏，不易理解。如“不古不今之學”，有學者認為“指國史中古一段，也就是他研究的專業”。[2]具體而言，即佛教史、唐史、詩史互證和六朝史論。此說雖然有1923年陳寅恪親筆的《與妹書》，以及後來（約1935年）楊聯陞筆錄的隋唐史第一講筆記等資料佐證[3]，似與史實大有出入。
陳寅恪號稱不治上古及晚清曆史，隻是不寫論著而已。即使以其平生撰述為範圍，自魏晉迄明清，均有精深的研究，很難以“國史中古一段”來界定。20世紀30年代以後，他雖然將主要精力集中於魏晉隋唐史和唐代詩文，仍然重視宋以後的曆史。他為鄧廣銘《宋史職官誌考證》作序，很大程度是為了倡導以良法治宋代曆史文化的“新宋學”。尤其是對明清史的研究，不僅始終未曾忽視，而且一直沒有停止。他在清華研究院擔任的指導學科之一，是蒙古、滿洲書籍及碑誌與曆史有關係者之研究[4]；1926年擔任北京大學研究所國學門導師，提出的四項研究題目中，包括搜集滿洲文學史材料[5]；1928年中央研究院曆史語言研究所在廣州成立，陳寅恪被聘請為研究員，以秘書代行所長職務的傅斯年希望他就近在北京負責整理內閣大庫檔案。[6]
曆史語言研究所遷往北平後，其下設的第一組即曆史組的工作內容為關於史學各方麵及文籍考訂，具體研究標準為：