陳寅恪後來名震海內，桃李滿天下，清華研究院的學生都尊之為師。然而，這隻是廣義而言。嚴格說來，依照該院製度，可以說無一人是陳的嫡傳。
清華研究院“學生研究之方法，略仿昔日書院及英國大學製度，注重個人自修，教授專任指導，分組不以學科，而以教授個人為主”。其課程分普通演講和專題研究兩種，後者為學生專門研究學科，共23類，即經學、小學、中國史、中國文化史、中國上古史、東西交通史、史學研究法、中國人種考、金石學、中國哲學史、儒家哲學、諸子、宋元明學術史、清代學術史、中國佛教史、佛經譯本比較研究、中國文學史、中國音韻學、中國方言學、普通語音學、東方語言學、西人之東方學、中國音樂考。“學生報考時，即須認定上列任何一類，為來校後之專門研究，考入後不得更改。本院開學日，各教授將所擔任指導範圍公布，學生與導師自由交談，就誌向興趣學力所近，於該範圍擇定研究題目為本學年專門研究”。[1]
考慮到教授與學生的專精和興趣不免重複，該院章程第六項“研究方法”特規定：“教授所擔任指導之學科範圍，由各教授自定。俾可出其平生治學之心得，就所最專精之科目，自由劃分，不嫌重複；同一科目，盡可有教授數位並任指導，各為主張。學員須自由擇定教授一位，專從請業，其因題目性質，須同時兼受數位教授指導者亦可為之；但既擇定之後，不得更換，以免紛亂。”[2]由此可見，該院學生在考試前必須確定自己將入哪位先生門下受業。
清華研究院共有教授4人，講師1人，助教3人，教授和講師可以招生。1925年和1926年，各人所擔任的指導學科如下：王國維：經學、小學、上古史、金石學、中國文學；梁啟超：諸子、中國佛學史、宋元明學術史、清代學術史、中國文學、中國文學史、中國哲學史、中國史、史學研究法、儒家哲學、東西交通史；趙元任：現代方言學、中國音韻學、普通語言學、中國樂譜樂調、中國現代方言；陳寅恪：年曆學、古代碑誌與外族有關係者之研究、摩尼教經典回紇譯本之研究、佛教經典各種文字譯本之比較研究、蒙古、滿洲書籍及碑誌與曆史有關係者之研究；李濟：中國人種考。[3]