陳寅恪評語的另一重意思，是所謂南學與北學（即黃河流域）的優劣浮沉。中國南北文化差異明顯，學術風格也各自不同。朱維錚教授認為：“把空間分布作為學術派分的畛域，始於南北朝。但承認‘統一’時代還存在學術的地域剖分，則盛於北宋。”[1]清代以來，學者論學，每每講究地域與流派的關係。清初顧炎武《日知錄》引《論語》評南北學者之病，指北方學者“飽食終日，無所用心”，南方學者“群居終日，言不及義，好行小慧”。梁啟超早年《論中國學術思想變遷之大勢》，即分先秦學派為南北兩支，各有正宗與支流，並據以歸納南北學之精神。[2]日本京都學派論述清代學術史也多牽連及此。
但南北學者若揚己抑彼，則為不智。民初《清史稿·儒學傳》成，請人評審，吳士鑒提出增加崔述，“其所著書，雖無家法，而北學除通州雷、肅寧苗、昌平王三人外，尚覺寥寥。東壁久已懸人心目之中，能否增附於雷傳之下，以饜北人之望，而免他日北人攻南之弊。此中消息極微渺，侄非助北學，乃所以護南學耳。”[3]陳垣對褒陳澧貶崔述者道：“師法相承各主張，誰非誰是費評量，豈因東塾譏東壁，遂信南強勝北強。”[4]道光初年江藩著《宋學淵源記》抑南揚北，但他本人籍貫揚州，而且照朱維錚教授所見，本意當在貶斥桐城諸家。
總體而言，南學強於北學，當是近代學術的一般態勢。即以舊學而論，民初北京尊奉清代北學正宗顏李學派的，唯有徐世昌的四存學會，其餘均為南學派係。直到20世紀20年代末，王重民、孫楷第、張西堂、劉盼遂、謝國楨、王靜如、羅根澤、孫海波、肖鳴籟、齊念衡、莊嚴、傅振倫等組織學文學社，因社員多係淮黃流域學者，向達、趙萬裏名之為北學派，其實不過戲言。[5]