廢科舉一個影響深遠的社會後果即中國的城鄉漸呈分離之勢。傳統中國士人以耕讀為標榜，多數人是在鄉間讀書，繼而到城市為官。舊製做官的讀書人，或候缺或丁憂或告老，多半要還鄉。新製則“學生”與城市的關聯越來越密切，而與鄉村日益疏遠；大學（早期包括中學）畢業基本在城市求職定居，甚至死後也安葬在城市，不像以前一樣要落葉歸根。前者不止是人員的流通，它還意味著信息、資金等多渠道的流通，使整個社會處於一種循環的流動之中。後者實際意味著以前整個社會的循環流動在很大程度上逐漸衰竭，並走向中止（這當然有個過程，且各地情形不一）。
廢科舉後不久，即有人擔心，“吾國官無大小，所居者城市也。今日大聲疾呼爭權利以興學者，皆城市之民也”。官立和層次較高的公立學堂也多在城鎮，即使“偶有一二富鄉，搜集種種捐款，建設一二學堂，所教者紳族也、富室也；林林萬眾，裹足不入”。若“長此不改，一二年後，城市大鄉，貴族學校林立，官可以報績，紳且據以自豪”，而鄉間恐怕“除百一紳富家外，大多數學齡童子皆將不識一丁”。鄉村“讀書種子既絕，而市民、非市民之階級，由此永分：市民之學堂日益增多，非市民之負擔日益增重；市民有權利而無義務，非市民有義務而無權利”；其潛在的禍患難以量計。[1]這一擔憂與前引舉人李蔚然的觀察是吻合的。
二十多年後，黃炎培總結說，科舉製在曆史上的好處，即在使“貴族教育移到平民教育身上”；科舉既廢，教育本應更加平民化，然興學校的結果，“轉不免帶多少貴族教育的意味”，為“科舉時代所料想不到”。主要即體現在“學校的設置既偏於都市，學費的征取更足使中等以下社會人家無力送他的子女就學”。[2]教育的城鄉差別當然並非隻有負麵的結果，有些人反可能從中獲益。安徽鄉間私塾尚未沾染口岸風氣的傳統蒙學教育，對少年胡適就曾大有幫助，使他得以在上海的新學堂連續跳級。[3]但多數人對新學堂的體驗似不那麽理想。