1902至1904年，國內學界反抗專製的風潮此起彼伏，接踵不斷，波及全國十幾個省份的各級各類學堂。清政府對此極為不安。張之洞視察京師大學堂時，“在座中所論，深以學界風潮為憂，謂庚子時此風尚不過漢滬一隅，乃不過三年，已遍大陸，可畏實甚。”[1]到1904年年底華興會起義失敗及萬福華事件後，國內政治風潮漸趨平靜。《大陸》雜誌載文《革命獄與謀刺案之影響》論道：“湖南革命獄始興，學界驟為之諳，上海謀刺案繼起，政界大為之驚。……連日樞府與管學大臣互謁密商，頗聳觀聽。各學堂學生驕態銳減，有失其常度者。”[2]在高壓與腐敗的雙重刺激下，1904年年底至1905年再次出現國內激進學生的東渡熱潮。許多拒俄運動中歸國的留日學生在國內無法立足，也紛紛重返日本。兩年內留日學生總數從1300人激增至8600人，除甘肅外，各省均有大批學生留日。本來清政府派遣留學生，意在鞏固和改善其統治基礎。然而，數千中國學生聚集日本，在東京形成一個政治活動中心，為同盟會的成立提供了有利條件。
1903至1904年年初，留日學生的革命傾向一度有所削弱，原因之一，激進分子大都歸國運動革命，各省同鄉會所辦刊物又相繼停刊，因而影響了對留學界本身的宣傳。原因之二，大批新到學生良莠不齊，特別是清政府所派學習政治、警務者，多為保舉的官紳，名為學生，實則遊曆，使留學生的成分發生較大改變。1904年，僅在東京法政大學速成科就讀的官紳即達300人，占留日學生總數的十分之一。[3]“其遊學也，多含有保舉之目的，故人類不齊，棍騙及宿娼之事，所在多有。”[4]《大陸》雜誌說：“三期為官費生最多時代，如山東，如兩湖，如四川，動派數百人，其人非紈絝即腐儒，大都舍圖功名富貴以外無他誌。”[5]1903年年底俄事風雲再起時，留日學生仍有200人集會，準備重編義勇隊。而日俄開戰後，“東京留學生之歸國者接踵於途，其在留者則足不敢出戶，迥異曩昔者慷慨激昂奔走號召之態矣。”[6]連清駐日公使也說：“近年此間留學生多知向學，較前安靜。”[7]這種情形引起國內一些報刊的尖銳批評。