中國教育會從建立到渙散，曆時六年，幾經起伏，大致可分為5個階段。1902年4月－11月為開創期。依據章程，中國教育會總事務所設於上海英大馬路泥城橋西福源裏21號，[1]設正副總理各一人，幹事6人，會計2人，書記2人，評議員9人，糾儀2人。[2]下設教育、出版、實業三部，其中教育部又分男女二部，以後改為學校教育部與社會教育部。[3]但開始“會員人數稀少，經濟尤為竭蹶，發展殊難”[4]。其間比較重要的事件是6月組織上海女學會和8月13日在張園集會歡迎因成城入學事件被日本政府驅逐回國的吳稚暉。
張園集會參加者達百餘人，會長蔡元培親赴日本將吳接回。會上“吳君登台演說，備述顛末，激昂慷慨，淋漓盡致。述及中央政府腐敗，國權喪失與學生反對之故，則令人怒發衝冠，有為之淚下者。述及公使語之荒謬，又令人轉怒為笑。演畢下台，眾人鼓掌，掌聲如雷震耳”。後又在張園安塏第開協助亞東遊學會，戢元丞提議派人赴日協商，將保送留日學生學習軍事的權力由公使轉歸中國教育會，葉瀾則主張自辦學堂以教子弟。會後各人分頭辦理，均未實現。“教育會因學生未有要領，暫緩秋間大會。”[5]苦心經營，“至其秋冬之際而組織乃粗備”[6]。這一階段的主要目標是力爭站穩腳跟，再謀打開局麵，但也不放過表明政見的機會。6月間上海進步人士集會悼念原中國議會書記邱震、吳孟班夫婦，蔡元培、章太炎、王慕陶、葉瀚、汪德淵、蔣智由、蒯壽樞、王季同等敬獻挽聯，向這對“戊戌黨錮以後大呼政治革命，支那奴隸之國創聞男女平權”[7]的革新伉儷表示懷念。
1902年11月—1903年7月為全盛期。上海南洋公學風潮驟起，中國教育會應退學生公請，於張園召開特別會，專議協助退學生建立共和學校之方法，由各會員認助開辦費若幹及月費6成，並義務擔任教員，組成愛國學社。“師日本吉田氏鬆下講社、西鄉氏鹿兒私學之意，重精神教育。”[8]從此中國教育會的活動影響一日千裏，蒸蒸日上，改組《蘇報》為機關刊物，熱情鼓動學潮；發起拒法抗俄運動，組織軍國民教育會；吸收全體愛國學社學生入會，力量陡增；創辦印刷社，編譯出版各種東西方社會自然科學著作以及反清革命書籍；連續在張園等處大開演說會，鼓吹革命。一時間成為全國矚目的政治熱點。