研究清末政治小團體的學者往往注意到這些組織的地域色彩，並歸咎於其成員的主觀意識。然而，中國教育會從一開始就沒有用狹隘的地域觀念把自己局限起來，而是力爭建設成為全國性組織，這從它標明為“中國教育會”即已昭然。該會章程規定：“本會置本部於上海，設支部於各區要之地。”[1]後來又進一步明確為：“本會設中央事務所於上海，其會員在各地至十人以上則設一地方事務所。”[2]蔡元培對於教育會溝通內外的功能作用有很好的說明：“上海全國交通之轂輻也，內之可以輸進文化，外之可以聯絡聲氣，非於此設一教育會以媒介之，尤不可。”[3]從整個活動看，該會積極貫徹了這一原則，並在一定程度上付諸實現。
中國教育會幾經起伏，人員流動很大，多則百餘，少則十數，[4]會員籍貫分布於蘇、浙、閩、皖、直、鄂、湘、粵、桂、甘等省，其中以江浙人士居多，但其他省籍會員如湖北的王慕陶、戢元丞，廣西的馬君武，安徽的汪德淵、蒯壽樞，湖南的章士釗、陳範，福建的林森、林獬，直隸的張繼，廣東的徐敬吾，甘肅的陳競全等亦起重要作用，其中不少人還擔任過職員。這種情況反映出上海移民社會的背景。清末這裏成為各地新知識群中精英分子的薈萃之所，他們時而聚會上海，時而分散各地，使得上海與各地知識界保持著密切聯係。
中國教育會的直轄分支主要分布於江浙一帶，同時通過各種渠道，與許多重要省份新知識界中的革命分子建立了密切聯係。1903年春成立於上海的福建學生會，會長林森及骨幹林獬都是中國教育會會員，其活動往往借用中國教育會所或愛國學社校舍。王慕陶、戢元丞等與湖北進步知識界聯為一體，他們創立的國民叢書社，“同鄉公舉以為上海機關，於吾湖北關係甚大”[5]。由湖北革命小團體花園山機關派赴上海設立聯絡處昌明公司的萬聲揚，就與國民叢書社保持直接聯係。繼起的科學補習所也與中國教育會互通聲氣，其章程即刊登於中國教育會的機關刊物《警鍾日報》上。