中國教育會是憑借上海許多得天獨厚的條件生存發展起來的，這裏地處中外交匯的中心點，又是國內新知識群的薈萃之所，外部信息靈，內向輻射廣。但也由此帶來成員背景各異，思想駁雜，性情相悖等不利因素。在租界特異環境和清末專製統治秩序調整鬆動的情況下，個人活力得以發揮，相互摩擦也因而加劇。中國教育會幾起幾伏，迭遭頓挫，清廷與殖民當局的鎮壓破壞固為主因，而中國教育會本身的弊病，則是從內部滋生的瓦解因素。
中國教育會最大的隱患之一，就是內部兩派分歧始終未得到合理調整與解決，激烈派希望借此開展革命活動，溫和派則企圖變為純粹的教育機構。雙方沒有妥籌良策，協調步驟，而是回避矛盾，各行其是。結果，合法與秘密兩方麵事業不能始終並行不悖，兩派不斷地試圖使各自的主張成為唯一宗旨，否則就從事組織外的小團體活動，或是同時加入其他團體。這樣雖然避免了正麵衝突，但人力物力資源難以公平分配，組織建設起伏動**，組織功能無法發揮，內部矛盾衝突不斷爆發。為此，中國教育會很難提出一套政綱策略，廣泛吸引民眾，從而突破教育的外殼，真正成為政治核心與旗幟。所以，盡管它力圖發展為眾望所歸的政治團體，最終也隻能把革命分子迫切要求組建革命大團體的潮流引導到同盟會的旗幟之下，而自身則在共和革命的凱歌進行中悄然消逝。
個人與宗派主義嚴重，成為中國教育會的一大弊端。近代中國的民主宣傳重自由而輕權限，已經流弊匪淺。中國教育會激烈派中的一些人，受無政府主義影響較深，為害更重。他們鼓吹：“自由者何？凡吾心所欲為之事，吾皆得而為之，而人斷不能禁止吾壓製吾也。”[1]從反對專製的角度看，這在當時確有積極意義。但極端個人主義的惡性膨脹，也產生了嚴重的消極作用。這股思潮泛濫的惡果之一，就是1903年6月中國教育會與愛國學社的分裂。愛國學社成立後，學生大都加入中國教育會，雙方在組織和財政上名義有別，實際上難分彼此。大家通力合作，使會社事業日新月異，呈現出生機勃勃的景象。