康、梁等人亡走海外，聲稱奉詔，鼓動保救光緒，創發報刊，抨擊當朝執政，成為西太後及其黨羽的心腹之患。從其出亡之日起，清政府就設法予以鏟除。開始試圖緝拿正法。政變不久，清廷即派榮祿的心腹李盛鐸任駐日公使，取代黃遵憲，準備重施駐英公使館綁架孫中山的故技。從1899年1月起，不斷有清廷派遣刺客到日本行刺康有為的消息。據東京警視廳報告，康有為接到友人函告，有沈、陳二人奉清政府之命暗殺康、梁，正在上海與日本人往還，以求交際，將東渡日本。[1]4月，又有以保皇會為目標的刺客抵達日本的消息。[2]其時清廷由剛毅籌劃對付康有為，“劉問芻自認能除康，剛極喜之”[3]。7月，清政府派劉學詢、慶寬等以考察商務名義赴日，與日本政府暗中交涉“交康”事宜。[4]此舉不成，遂改用通緝與暗殺並舉之法。
劉學詢在日期間，曾與孫中山密談，其中據說涉及如何對付康有為。此事在劉學詢一方，是肩負清政府的使命，在孫中山以及從中撮合的日本人士，則旨在籌集軍費。[5]同年10月，康有為接到其母病危的急電，從美洲東歸，途中證實事屬子虛，擔心是清政府的陰謀。[6]恰好《清議報》館被火焚毀，康有為更加害怕清廷故意製造混亂，以便下手。況且報館失火事確與清廷有關。其時剛毅南下廣東，一麵籌集巨款，一麵督促殺康事宜。回京之後，“又常常專注拿康，危言聳論，不知又加幾許……合肥之商務兩廣，皆為此事，有此一事，則餘事皆不暇矣”[7]。
11月，李鴻章擔任商務大臣並奉密旨除康，[8]即任用劉學詢，企圖利用孫中山誘捕康有為。關於此事，孫中山先期製定了一套辦法，但在劉學詢函約之後，遲遲沒有回複。劉學詢鑒於“滬上各報已播傳，恐打草驚蛇，蹈上年李盛鐸覆轍”，準備“得孫回音，即先赴粵”，要求李鴻章“請奏飭粵暫緩，俟詢到商妥再辦。”李鴻章認為孫中山不答複表明其“或尚遲疑。粵早奉電旨，難再飭緩。擬赴粵，有何辦法？”劉學詢答以“法用誘用擄，活上斃次”。行刺之事由港澳之人實施，“候孫來商截南洋之路”[9]，以防康有為聞訊外竄。據說康有為在港期間，“刺客載途，登吾港寓三層樓行刺焉。時門人狄楚卿猶在樓下與唐才常談也。又開隧道於鄰，欲火吾室，幸吾先行而免”[10]。由於在港行動不便，清政府試圖通過外交途徑使港英當局將康有為驅逐出境，同時“多方布置，靜以待動，不惜財力，誘而擄之，務期必獲”。李鴻章還指示劉學詢：“此事宜細心設計密圖，勿過鹵莽，防一擊不中，口舌更甚。黃金福係剛派密捕者，亦合辦為妙。”[11]