外部關係的錯綜複雜，使得長江聯合陣營內部分歧叢生。表現之一，以上海為基地的唐才常和以漢口為基地的林圭，與孫中山、康有為的關係親疏有別，前者主持的自立會“全由康派與唐才常相往來、相計劃而成立”[1]，後者統率的自立軍，則主要因襲興漢會而來。長江流域計劃，原不限於湘鄂，除安慶、蕪湖、銅陵外，由於辜人傑移防南京，以及淮陽鹽梟徐懷禮來附，唐才常等又將勢力擴展到南京、鎮江、揚州，甚至一度有借徐懷禮虎威，以虎軍為正兵之意。[2]以後才確定由狄平負責下遊，唐才常統軍漢口。由於徐反複無常，臨陣變節，江寧楊金龍等又因劉坤一複出以及清政府改變排外國策而按兵不動，[3]漢口才成為自立會勤王正軍。
唐才常名義上是自立軍統領，但主要活動於上海，從事聯絡與籌款，除幾次短期赴漢外，一般靠函電遙控。直到起義在即，才於8月9日從上海匆匆趕赴漢口。真正執自立軍牛耳者為林圭。[4]他自1899年11月赴湘不果，改到漢口尋求發展，在畢永年、容星橋等協助下，創辦“義群公司”，通過興漢會的關係，與湘鄂會黨建立聯係。秦力山稱：“吾謂庚子長江流域革命運動大舞台為林氏一人所築，而其他各人無非備數者。”[5]就自立會而論，此言不無道理。可是林圭看來，漢口之謀由“安兄會中峰於東而定議”[6]，視“本公司”與興漢會如出一脈，行動方略及人事安排，均向孫中山匯報協商。盡管湘鄂會黨首領被離間於前，畢永年出家於後，興中會對這一地區的控製力有所削弱，但興漢會影響始終保持。而且林圭仍傾向反清革命，每與來訪者“縱談自由平等共和之說，悲滿清之暴政，說革命之急潮，其意氣甚激昂也”[7]。所以，秦力山後來特意“為林氏呼冤而告我國民曰：林之目的與唐異。唐崇拜康，林崇拜公理。唐為帝黨，林為民黨。唐主立憲，林主共和。然以唐見信於康，林苟欲以間接見信於康而得其接濟，則勢不得不枉己以從人。其實林無時無刻不欲出唐之範圍外。……唐於會中，幾激成內訌，林又起而調和之。”[8]