瘟疫不同於一般的疾病，在病理學上，它具有一係列自身的特點，比如，具有特異病原體、傳染性、流行性、地方性、季節性和免疫性等。[1]這些特點，應該也是清代江南所發生的瘟疫共有的，這裏要探討的是，在特定時空範圍內疫情的獨特性。清代江南瘟疫的特點主要表現在以下幾個方麵：
（一）瘟疫的頻數基本與社會經濟發展水平和人口密度呈正相關係
首先，在時間上，瘟疫大致隨社會、經濟和人口的發展而漸趨增多。就總體而言，江南的瘟疫頻數在有清一代呈不斷增多之態勢，鹹豐以前，完全與江南的社會、經濟和人口發展趨勢相吻合。在晚清，雖然人口數量由於太平天國戰爭的影響而大幅度減少，社會經濟也遭受很大的破壞，但瘟疫頻數仍持續甚至較大幅度地提升。這一情況的出現有其特殊的原因，並不能說這一一般性的趨向到晚清發生了突然的變化。其一，嘉道之際真霍亂傳入中國，真霍亂不僅危害大，而且江南的社會環境特別適宜其生存和流行；其二，太平天國戰爭期間，瘟疫借助戰爭，在江南地區廣泛而長時間地肆虐；其三，清末上海、寧波等沿海城市規模和人口急速擴展，對外交往猛增，也極大地增加了這些地區瘟疫發生的頻數，而對整個清代江南來說，沿海發達地區瘟疫次數一直在總次數中占有很高的份額；其四，晚清由於年代較近，資料也應該相對豐富一些。實際上，若做更細致的分析，以上特點仍是能夠得到顯現的。比如，太平天國戰爭後到光緒初年的十餘年間，除人口和社會破壞相對較小的寧波府外，其他地區基本沒有疫情出現。[2]同時晚清大幅增多的瘟疫也大多集中在人口與社會經濟發展較快的沿海發達地區，特別是上海等大城市中。
其次，在空間上，瘟疫分布呈現出主要以蘇鬆太地區為中心，由東向西，由中間向南北兩端逐步遞減的整體態勢。一般來說，府州以上官府駐地，以及人口密集、地處交通要衝的地區，瘟疫較多，而地勢偏遠、人口稀少的小縣則相對較少發生瘟疫。也就是說，人口越多，社會經濟越發達，瘟疫也就越多。這明顯與現代模式相背離，造成這種現象的根源在於，對瘟疫來說經濟發展本身就是一把雙刃劍：一方麵，經濟的發展有利於提高人們的日常生活水平，改善社會的醫療衛生條件，從而起到抑製疾疫發生的作用；另一方麵，它也造成了環境的破壞和汙染以及人口流動的頻繁，而且，當時經濟發展水平與人口密度基本是正相關係，而人口規模的不斷擴大，無疑有利於疫病的滋生和流傳。同時，清代江南民眾的生活水準雖有所提高，但並不明顯，特別是遇到災荒之年，仍擺脫不了忍饑挨餓甚至顛沛流離的命運。因此，民眾在生活上對疾疫的抵抗能力並沒有取得明顯的增強。同時，在經濟比較發達地區，雖然社會醫療和救濟水平相對較高，但總體上，民眾所受到的醫療服務仍不足以對控製大規模瘟疫起到決定性的影響。特別是在廣大農村，較高水平的醫療服務也基本難以享受。而且，在現代抗生素發明以前，醫學對大多數疫病遠沒有決定性的控製能力。至於當時的衛生觀念和舉措，雖然對養生和平常的身體狀況不無裨益，但在抑製瘟疫的滋生和流傳方麵作用有限。這表明，當時由社會經濟發展帶來的抑製疫病機製總體上還無法有效地控製和抵消社會上因此而增多的疫病感染機會。