對環境與疾疫間的關係，古人很早就有認識，而且形成了專門的理論，即“五方致病論”和“五運六氣”致病說。[11]這些理論特別是“五運六氣”論配以“五行”學說，多有玄妙之處，不過其核心思想不外乎東、西、南、北、中不同地理環境和四時氣候的變化對人體疾病和疫病流行有著重要的影響。環境與疫病之間存在著非常密切的關係，是毋庸置疑的。現代科學已經證明，生態環境影響疫病流行的因素很多，但以氣候和地理因素的作用最為突出。[12]具體到江南，當地溫暖濕潤的氣候，總體上也比較有利於眾多致病微生物特別是腸道傳染病菌的生存繁殖。這種一般性的說明，在眾多的醫學和傳染病學著作中均不難看到，現在需要進一步考察的，是江南的環境以及環境的變化對瘟疫爆發、流行有著怎樣的具體影響。
（一）江南的環境與瘟疫
氣候的異常往往導致災荒，因此它與瘟疫的關係十分明顯，對此，在災荒因素中已做分析，於此不論。這裏來看看氣溫異常，但未出現明顯水、旱、風、潮、蟲、震等災荒之情況與瘟疫的關係。根據竺可楨先生等人的研究，17世紀20年代至18世紀20年代、19世紀40年代至90年代是清代曆史上的兩個寒冷期。[13]前一個時期，大致相當於康順時期，後一個時期與我們所謂的第四個時期有著較大的一致性，從瘟疫統計的情況看，這兩個時期的瘟疫發生次數在總體變化序列中沒有什麽特別之處，也就是說，這兩個時期嚴寒的氣候對瘟疫的發生沒有直接必然的影響。另外，據對寶山、南匯、高淳、蕭山和昌化五縣縣誌“祥異誌”的統計，這五縣在清代共出現氣溫異常現象57縣次，而隻有三縣次的瘟疫與此有關，而且還不是單獨相關，與此相關的還有其他災害因素。[14]可見，這兩者直接的關係並不明顯。