19世紀末細菌的發現和細菌理論的形成是20世紀現代醫學科學取得突破性發展的最關鍵因素之一，改變了西方生物醫學的研究方向。[1]值得指出的是，這雖非中國醫學的成就，但並沒有隔絕於中國社會和醫學之外。就在該學說出現不久的1900年前後，西方關於病菌致病的學說開始傳入中國，並得到一些人的認可。比如，著名醫生陳虯在弟子問他“近日西醫流行，其論此病，係毒蟲為患……然否”時，亦回答說“理亦不謬”[2]。一本完成於清代末年的防疫著作這樣介紹了細菌學說：
傳染之原因，皆由細菌，細菌亦生物也，以顯微鏡測之，有球狀者，有棍狀者，有螺旋狀者，有苦邁狀（英文字形）……[3]
非醫生的孫寶瑄也在日記中寫道：
我國人謂疫有神，故設法以驅之。西人謂疫有蟲，故設法以防之。神不可見，而蟲可見。微生物乃天地間一大種類，終日與人爭戰，蟲敗則人生，蟲勝則人死。[4]
同時，西方有關傳染病傳播途徑的學說也同時傳入，光緒年間，在真霍亂流行之時，日本的中野太郎用中文寫成了《避疫法大意稿》的小冊子，其中說道：“痧疫病源為一種幻微生體”，因“個人飲食不良而發生”[5]。已較為理論化地指出了瘟疫的食物傳播途徑。到宣統時，曹廷傑則進一步介紹道：
（細菌）大抵皆發生於有機物質腐敗處，遇適當之溫度及卑濕之地，既生以後，則浮遊於空氣及水、塵埃中，或土及不潔物中，因人之口、鼻、**而入，即致各種之病。[6]
除曹所言，蟲媒傳播的認識當時也已十分明確，紹興醫學會節錄的《上海醫學研究所通告》指出：
蚊蠅最能傳病，故食物必須遮蓋，以免蚊蠅散毒。碗盞用時，須先洗淨。臥宿須垂帳子，勿使蚊蟲吮血，致生傳染之病。[7]