通過以上幾節的分析，我們可以得出如下認識：
第一，清人對瘟疫病原的認識基本是鬼神司疫和疫氣致疫兩者長期並存。這兩種觀念都不是清代才出現的，不過清人在認識上均有不同程度的進步，特別是對疫氣致疫的認識。吳有性的“戾氣說”不僅從病原上對傳染病的揭示更加符合實際，而且對病因的認識相對接近今天的認識。雖然吳有性的《溫疫論》成書於1642年前後，不過其影響所及，幾乎完全是在清代。而且清人還對他的這一理論做了發揮和完善，彌合了吳對時氣和戾氣間過度的割裂，表明了疫氣形成的途徑，認為戾氣即疫氣是由暑、濕、燥、火四時不正之氣混入病氣、屍氣以及其他穢濁之氣而形成的。這些對“戾氣說”的補充和完善無疑促進了傳統醫學的發展，同時也使對瘟疫病原的認識更加接近現代認識。鬼神致疫的觀念，在清代的民眾乃至醫家中仍有廣泛的影響，不過批判和懷疑的論斷在數量上可能較過去有所增加。而且，隨著人們對疾病認識的提高，當時流傳的一些有關瘟疫的鬼神故事所反映出來的觀念也不斷接近實際，從而在客觀上形成了對時人預防瘟疫的有效指導。
第二，清人在疫氣致疫基礎上形成的對瘟疫流行因素、傳染方式等方麵的認識已比較係統全麵，盡管還存在局限。比如，在流行因素方麵，對今天認識到的災荒、人口、環境、習俗等相關因素均有不同程度的感知，有些還相當完備。比如，關於災荒，認為它在以下三個方麵與瘟疫直接相關：（1）災荒造成的饑荒會致使民眾的體質下降；（2）災荒導致的環境汙染有利於滋長疫氣或使疫氣變毒；（3）兵荒之年，人們居住條件的惡化也會導致易染疫氣。這些都能為人們有效地避疫和治疫提供依據。而對疫病傳染方式的認識則以空氣傳播為主導。雖然清人對傳染方式的認識並非沒有發展，比如，提出了瘟疫的“天受”、“感發”和“天行”等概念，從而為人與人之間傳染做出了理論上的說明；另外對接觸傳播、食物傳播、水傳播、蟲媒傳播等傳播方式也都形成了一些直觀或隱約的認知。但總體上，在理論上基本沒有突破疫氣傳染的認識框架。疫氣傳染這一認識不僅妨礙了時人對其他傳播方式的觀察和感知，同時還限製了對某些已經取得的現實觀察結果的闡述及其所產生的影響。這比較突出地反映在對蒼蠅傳播疾病的認識上，雖然汪期蓮在劉奎將蒼蠅和穢氣相聯係的基礎上，觀察到了蒼蠅能夠傳播瘟疫，但卻沒能做進一步的闡發，同時也沒能產生較大的影響，以致直到清末西方細菌學說傳入後，蚊蠅的傳播作用才引起普遍的注意。這一認識缺陷所造成的危害對溫暖濕潤、以腸道傳染病為主的江南來說，可能尤為嚴重。