霍亂、傷寒和痢疾都是古老的病名，不過這裏所說的霍亂和傷寒都是指現代醫學中的概念，與傳統醫學所指不是一回事。關於傷寒這一概念，緒論中已做辨析，於此不贅，僅對霍亂一詞略作考辨。
（一）霍亂
在中國的文獻中，霍亂是一個古老的名詞。早在《黃帝素問》中就有記載：“土鬱之發，民病霍亂。”[33]“太陰所至，為中滿，霍亂吐下”。對此，明代的張景嶽注釋說：“揮霍撩亂，上吐下瀉。”[34]又有幹霍亂之名：“更有吐瀉無物，亦有上下關閉，竟不吐瀉者，為幹霍亂。惟心腹絞痛，令人立斃”[35]，所以又稱絞腸痧。[36]雖然，現代一般認為，嘉慶二十五年（1820年）之前，中國所謂的霍亂是指多發於夏秋二季的急性腸胃炎或細菌性食物中毒；現代醫學所指的由霍亂弧菌引起的烈性傳染病，即Cholera，係嘉慶二十五年時從印度由海路傳入。[37]然而，在學術界，這一論斷並非定論，爭論的焦點主要集中在以下兩個方麵：一是這場大疫的霍亂究竟是一種新的疾病，還是原本就有的霍亂的一種變型；二是這次是不是真性霍亂的首度傳入中國。
關於前者，實際上，從疫病發生後不久就存在爭議。比如當時的霍亂名家王士雄，在其所著的《霍亂論》中將嘉慶季年出現的新疾病稱為“霍亂轉筋”，認為吊腳痧[38]不過是轉筋霍亂而已。[39]而稍後的徐子默則明確指出吊腳痧非霍亂。[40]而且，根據程愷禮的研究，認為是傳統疾病的，除王士雄等人外，洛克哈特（Lock—hart）、德貞（Dudgeon）和湯姆森（Thomson）等西方的醫生也持同樣的看法，他們在仔細閱讀資料後，認為“霍亂”確實是霍亂，而且它自“古早”即存在於中國。“對他們來說，在醫學古籍中關於這個疾病的臨床描述是莫大的確證，即使沒有提到這種疾病的傳染本質。他們堅持說，霍亂真正的性質可以進一步由中醫明顯的關心得到證明，他們自古代就對這個疾病開出許多處方並治療的方法。這些治療法如果不很有用（通常和他們自己的療法相似），至少值得更深入的考察。”[41]其實，在清代的醫生中，認為吊腳痧為霍亂或寒霍亂者，遠非王士雄一人，比如光緒年間，錢塘的連文衝將霍亂分為自生霍亂和傳染之症，主張治霍亂應先辨陰陽，“庶按症施治，得其指歸也，然無非師法古人”[42]。而湖州的莫枚士則公然反對“矜言創新，以新一時之耳目”，認為“今癟螺痧即暑月之中寒耳，其吐瀉者即霍亂耳”[43]。