能準確地判定曆史上發生的疫病為現代醫學所稱的何種疾病，無疑是件令研究者和讀者都感到興奮的事情，然而由於存在以下幾個方麵的因素，使得這種判斷具有相當大的危險性，有時甚至根本不可能做到。
第一，在曆史文獻中，對疫病的記載往往過於簡潔，正史一般均以“疫”或“大疫”名之，就是地方誌，除了對個別特別重要的瘟疫記錄其病名或簡要的症狀，對大多數瘟疫也都以“疫”、“大疫”、“癘疫”、“疫癘”、“瘟疫”、“時疫”、“疫氣”等名稱一筆帶過。對於這樣的記載，除非在其他文獻中找到具體的描述，肯定已不可能做出更進一步的判斷。
第二，祖國醫學和現代西方醫學是兩個全然不同的醫療體係，在疾病命名方麵存在著不少原則性的差別，“對於傳染病的命名診斷，西醫有病原性診斷、病理解剖性診斷、病理生理性診斷等，並且注意幾方麵結合做出完整診斷，因而其病名冗長、複雜，限定清楚。至於臨床表現，西醫雖視其為診斷的重要依據，但一般不做診斷用詞。中醫學與之不同，將臨床主症既作為診斷依據，又常直接用以組成病名，至於病因與病性、病灶診斷，並非每一病名所必備，而可通過辨證診斷來補充。總之，西醫命名特點是重菌毒、重病灶，中醫命名特點則重病狀、重性理”[1]。在這種情況下，中西醫病名必然難以一一對應，所以，即使已經明確知道某些瘟疫的病名和一些症候，也未必就能準確判斷其為現代的何種疾病。事實上，過去的某種疫病，很可能包含現在的多種疾病，相反，現代某一種疾病，也完全可能包括在過去的多種疾病之中。比如，就是古今稱呼基本一致的瘧疾，其實在很長時期中，不僅包括今天所說的由瘧原蟲引起的疾病，也用於指稱一些寒熱交作的外感熱病以及癆病，所以，明初浦江的戴思恭要呼籲：“瘧症不一，其名亦殊……亦有非癆非瘧等疾而成寒熱……不可不審。”[2]又如，今天所謂的感冒，在溫病學中，既可以歸入風溫，亦可包括在冬溫之中。[3]