近代醫療空間，指以西方的醫療技術和經營管理模式為基礎而設立的醫療衛生空間，包括醫院、診療所、療養院、防疫組織、衛生區事務所等。近代北京最早出現且數目最多的醫療空間是醫院。1861年英國倫敦會在東單牌樓北創建了施醫院，1864年英國醫學傳教士德貞在其基礎上創辦了雙旗杆醫院，這是北京的第一所近代西醫院。其後，美國基督教長老會於1885年創辦了婦嬰醫院，又於1901年創辦了安定醫院；1886年美以美教會創辦了同仁醫院。在教會醫院中最著名者當屬1906年倫敦五教會聯合創辦的協和醫院。
隨著外國醫院的增多，西醫技術逐漸為中國人所認識並被一些人的接受，清政府也認識到了設立西式醫院的必要性。1906年民政部奏請在東城錢糧胡同設立內城官醫院，其後又於1908年在宣武門外梁家園設立外城官醫院，也標誌著官方接受並仿行西方醫院的開始。內、外城官醫院初設時，除住院診治者須納飯食費外，其餘診治項目“概不收費”[92]。官醫院開設後經營良好，1909年全年就診數達到288467人次。[93]時人有竹枝詞稱讚：“一從新立官醫院，大益人民在衛生。不見荒榛與溝塹，果然滄海有時平。”[94]民國以後各類醫院漸多，官醫院每月仍有數千甚至上萬人就診。[95]1933年衛生處成立後將內、外城官醫院改組為市立醫院。
鑒於傳染病的流行情況，以及診治需要的環境，1915年內務部批準設立京師傳染病醫院，1916年劃歸市政公所，內置治療、預防、檢察、消毒四科，專司各種傳染病治療、預防之法及醫藥行政事宜。[96]1918年民間亦有醫師組織設立傳染病醫院。[97]醫院的專門性漸趨增強。1916年，市政公所以官立醫院僅有內、外城官醫院未能滿足需要，而在香廠建立了“仁民醫院”，醫院建築由英國工程師沈德估工包造。[98]1917年，第一所中國人集資創辦的公立醫院中央醫院成立。至1919年，北京已有46所醫院，其中國立醫院6所，公立醫院4所，民辦醫院17所，外國醫院16所。[99]