近代北京的市政管理機構最早成立於1902年。當年善後營務大臣胡燏芬向清廷奏請在京城設立工巡局，主要職責是修整街道和巡捕事務。後由於內城工巡局辦理成績較好，“既稱得力”，清廷命“外城而兼治之”，於1905年8月成立外城工巡局。[75]1905年9月，清廷下諭旨成立巡警部，要求“所有京城內、外工巡局事務均歸管理，以專責成”[76]，巡警部是集公安、民政、司法一體的機構，分設五司十六科，其中的警保司下設有衛生科，衛生科職掌為“考核醫學堂之設置，醫生之考驗給憑，並清道、檢疫計劃及審定一切衛生保健章程”。當年12月，京師內、外工巡局遂撤銷，代之以內、外城巡警總廳，分設三處，其中衛生處“掌清道、防疫、檢查食物、屠宰、考驗醫務、藥料，並管理衛生警察事”，下設清道股、防疫股、醫學股、醫務股四股。1906年，“預備立憲”厘定官製時改巡警部為民政部，並擴充職能，衛生升為五司之一，下設保健、檢疫和方術科。京師內、外城巡警總廳也隨之隸屬，但機構作了一些調整。總廳分設四處，其中衛生處掌清道、防疫、檢查食物、屠宰、考驗醫務、藥科各事項。[77]
清末北京的衛生行政製度已經初步完備，基本覆蓋了公共衛生的主要內容，由於缺乏專業的衛生行政人才，實際的衛生行政工作仍主要限於清潔和防疫。雖然此時的衛生行政依附於警察製度之下，但也曾出現過設立專門的衛生行政機構的努力。1905年9月，巡警部議定由外城入手管理京城警務，並擬照天津的巡警係統辦理，由此在外城創建了協巡局。[78]協巡局隨後設立了工巡捐局征收妓捐以為日常經費，不久工巡捐局改名為衛生局，“舉凡清潔街道、防疫各法及強迫種痘、考驗藥品、醫術無不司之於衛生局”[79]。但主要仿自日本的衛生警政模式在當時得到了更多認可，協巡局又因其外來的特點以及與巡警總廳衛生處並行的現狀而難以維持，最終於1909年被裁撤。