與事功方麵相較，錢德洪在學術思想方麵的改動較少，主要原因是嘉靖本編撰的原意就是要凸顯學術思想，他在序中說道：
吾師陽明先生出，少有誌於聖人之學……邇年以來，亟圖合並，以宣明師訓，漸有合異統同之端，謂非良知昭晰，師言之尚足征乎？《譜》之作，所以征師言耳……然其事則核之奏牘，其文則稟之師言，罔或有所增損。若夫力學之次，立教之方，雖因年不同，其旨則一。洪竊有取而三致意焉。[84]
可以說原先錢德洪編撰之意是以良知之學即為陽明之學，亦即等同於聖人之學的，而這個目的在全書本並未改變，僅僅在個別文字上有些修改，並增加兩條按語，而刪掉嘉靖本羅洪先原有的按語。文字上的修改可以陽明與湛若水交往事為例（括號內為全書本所刪，底線部分為所加），《年譜》弘治十八年條記雲：
惟甘泉湛先生若水時為翰林庶吉士，一見定交\[為莫逆\]，共以倡明聖學為事。[85]
很明顯，由於湛氏之師為陳獻章，亦與陽明同列於從祀名單中，因此加上“倡明聖學為事”，一方麵引湛氏門人為同道，不致阻礙陽明從祀，另一方麵則標舉陽明亦是從事“聖人之學”的。錢氏增加的兩條按語，一是：
按：先生立教皆經實踐，故所言懇篤若此。自揭良知宗旨後，吾黨又覺領悟太易，認虛見為真得，無複向裏著己之功矣！故吾黨穎悟承速者，往往多無成，甚可憂也。[86]
一方麵提醒看《譜》的人說陽明之學是經過實踐而來的，非空言立說；另一方麵又批評當時有些王門弟子的弊病，將致良知看得太容易。值得注意的是，最後的說法具有“判教”的意味，暗指那些有弊病的王門弟子，實未能領悟陽明之學，亦顯示出自己才是真正掌握陽明之學精神的人。第二條是：