從陽明接下了別人避之唯恐不及的差事，以及看他初至南贛時的作為，即可以證明其心中仍懷抱著經國之誌，所以他多方探詢南贛地區盜賊叢生的原因，期能提出徹底解決盜賊危害的方略。當然，過去在任巡撫之所以沒能有效處理此問題，主要原因在於其權力不足以全麵掌握此地區軍民百姓，更遑論要一次殲滅盜賊。通過當時兵部尚書王瓊的大力協助，陽明得以以“總督”之權，大展其才。不但有效利用與訓練當地的保安力量，形成一支有紀律與戰力的“鄉兵”，以此取代過去仰賴狼兵的做法，並因而取得前所未有的戰果。然在軍事行動中，湖廣兵“軍前違期”事件的發生，卻讓陽明麵臨“賞罰是否分明”的質疑，此質疑並不僅僅可能來自於旁人，更重要的是其自身的感受，因為這與其一再堅持“申明賞罰”的理念有所違背。且不僅僅此事而已，由於在帶兵的過程中，陽明隨時隨地都在處理“賞罰”的事宜，而這些事宜的賞罰程度小至杖責罰勤，大至殺人砍頭，因此如何能夠每一次都做出公正合宜的判斷，深深困擾著他。此事一直要到陽明平定南贛盜後，才逐漸理出一個頭緒。他認為隻要憑借著“本心之明”，麵對過錯的發生，如能當下改正，即不為過，而這就是聖人之所為。而此新體會的內容，即闡述於陽明重新理解《中庸》，因之而作的《修道說》。在此說中，陽明認為“誠”是上天所賦予人身上的，隻要能夠將此“誠”顯露出來，即能與聖人同功。但是陽明此時未有機會闡述如何能夠讓此“誠”顯露出來的工夫論，就發生宸濠之亂。
宸濠之將叛，是當時官員心知肚明的事情，而陽明與王瓊方麵也早已有所準備，但當事情真正爆發出來之時，卻令宸濠與陽明雙方都措手不及。然陽明憑借日常的準備與宸濠陣營對情勢的錯判，逐漸地取得勝利，也使得各地官軍不再觀望，因此能夠於鄱陽湖一戰大敗宸濠，取得最終勝利。但是這個莫大的功績也為陽明招致莫大的危難。由於宸濠部署已久，從地方到中央莫不有其黨羽，如能掌握宸濠與這些人平日交通的證據，即能通過這個證據來鬥爭反對派，而這也是“忠泰之變”發生的背景原因。由於陽明過去也曾經遭遇類似的事情，因此非常清楚這個證據的重要性，麵對忠泰二人查驗文書等要求時，陽明直接上疏朝廷，企圖透過朝廷的力量，借力使力，喝阻忠泰二人的企圖。但也因此得罪忠泰二人，爾後，各種橫逆接踵而至，其結果都可能讓陽明毀身滅家。在當時，陽明有各種可能的做法，例如說交出簿籍證據給忠泰二人或是江彬，也許就不會麵臨如此處境；要不就直接上繳朝廷，置身事外。但陽明最終的選擇，卻讓他處在生死的邊緣。處在此惡劣的政治情勢下，陽明思考著如何能夠動靜合宜、舉措適當，對於將來的出處問題又該站在什麽角度下思考呢？過去被貶謫至龍場時，以“聖人處此，又有何道”的問題自問，如今，陽明又再度麵臨相同或是更加險峻的情況。同樣的問題，恐怕也是陽明於草庵中靜坐時，所一再自問的問題吧！在重遊化城寺時，陽明憶起其弘治年間所遇老和尚之事，促發其重新思考周濂溪與程明道思想的契機。陽明重新衡定周敦頤的《太極圖說》與《通書》，認為周氏所謂“主靜”“定之以中正仁義”等說，皆是強調“主其本體”之意，也就是說“中正仁義”是道德的標準，而此標準即是在每一個的心中，即是孟子所言的“良知”。由於此“良知”是每一個人都有的，故如能時時致此“良知”，麵對事物之來，不需安排與計算，發揮“本心之明”，予以是是非非，過則改之，與聖人一般，此即是聖人之學。也就是說聖人處此，也不過就是以“良知”為把柄，來因應萬事萬物之來。當陽明體認到“良知”說後，其最大的改變，不但對於政治上之橫逆可以坦然接受，並且適當地處理這些橫逆，例如他在麵對邊軍的挑釁時的因應；另外，其人生重心亦從政治轉向學術。由於受到周敦頤思想的引道，使得陽明意欲遠離政治舞台，專心致力於“聖學”的發揚。也因此，陽明往後的所作所為，大都以如何宣揚其“良知說”為主旨，意欲不論貧富貴賤，每個人都能夠是“好人”（聖人），也唯有社會中充滿著“好人”（聖人），道德社會的重建才能有實現的可能。