與近代科學觀念表現出嚴重衝突的，莫過於產生近代科學的西方世界的基督教神學觀念。近代科學重事實、重實驗、重證明、重推理，而基督教以神作為最高的不證自明的真理，並強調神對人的啟示是人獲得這個最高真理的唯一方式。因此，科學在近代世界的突飛猛進，對強調神異的基督教無疑造成了極大的挑戰。1911年著名的《東方雜誌》就刊載中國人摘譯西方學者的文章，探討基督教與科學的關係問題。該文指出，基督教聖經中所記載的種種神跡，在過去長時期內都被人們當作是情理之中的，可是，進入近代的科學世界，人們越來越發現這些神跡與科學是相互衝突的。那麽如何看待聖經中的神跡與現代科學之間關係呢？難道現代科學因此根本否定了基督教存在的價值了嗎？作者認為並非如此簡單。如果我們還堅守著以往“無神異即無基督教”的說法，那確實是使基督教有被科學發展的危機，但是，我們對於基督教的理解不能過於簡單化，要知道人類不是一般的動物或機器，人類之不同於動物界，是因為人類有遠高過於動物的智力，而這是上天賦予人類的特殊能力。事實上，“人類與上等天使無異，以其不若動物生涯之有限製也。人類設能壽命較長，無一切塵事之桎梏，則必能發布其上等天使之能力。蓋此等能力，乃人類所生而即具者也”。“由是可知人之為人，即為一神異或超出常理之事實，而此事實則用科學設定之且證明之者也。”[1]
到了新文化運動時期，陳獨秀專門翻譯了西方學者赫克爾所著的《世界之謎》中的一些段落，先後刊載在由其主編的《新青年》雜誌上，該文凸顯了基督教與近世科學發展之間的衝突，並批評羅馬天主教不僅不能適應科學發展的要求，甚至猛烈地批評科學，將基督教信仰置於理性之上，“視理性為應盲從信仰之物，以地球上現世之生活，不過想象的來世生活之準備，以此故反對科學之研究，且攻擊之”。但他同時強調“吾人貴乎真正之基督教，且欲於此瀕於滅亡之宗教中，救出取而加入吾人之一元論的新宗教者，果何在乎？曰，是在倫理的方麵及社會的方麵，基督教真正光明之方麵，若人道、黃金律、寬容、博愛等原理，皆古代文化，非基督教所始唱”。[2]這可以看出陳獨秀之所以批判基督教會而積極肯定耶穌的人格精神的一個重要思想來源。