在民國時期最有持續影響力的五四新文化運動，最耀眼的旗幟當然就是科學與民主。作為這場思想文化啟蒙運動的領導者和主要旗手，陳獨秀在《青年雜誌》創刊號上，就號召現代新青年，應當使自己具有科學的精神，而非憑空想象。他說：
科學者何?吾人對於事物之概念，綜合客觀之現象，訴之主觀之理性而不矛盾之謂也。想象者何?既超脫客觀之現象，複拋棄主觀之理性，憑空構造，有假定而無實證，不可以人間已有之智靈，明其理由，道其法則者也。在昔蒙昧之世，當今淺化之民，有想象而無科學。宗教美文，皆想象時代之產物。近代歐洲之所以優越他族者，科學之興，其功不在人權說下，若舟車之有兩輪焉。今且日新月異，舉凡一事之興，一物之細，罔不訴之科學法則，以定其得失從違；其效將使人間之思想雲為，一遵理性，而迷信斬焉，而無知妄作之風息焉。……凡此無常識之思維，無理由之信仰，欲根治之，厥維科學。[1]
對於各種宗教信仰，陳獨秀更是堅持以科學的立場出發來對待，對於不符合科學理性的信仰，盡在摒棄之列。他在自述自己的信仰時，也自然以不違背科學的為準則，甚至提出“以科學代宗教，開拓吾人真實之信仰”的主張。他說：
第一，餘之信仰。人類將來真實之信解行證，必以科學為正軌，一切宗教，皆在廢棄之列，其理由頗繁，姑略言之。蓋宇宙間之法則有二：一曰自然法，一曰人為法。自然法者，普遍的，永久的，必然的也，科學屬之，人為法者，部分的，一時的，當然的也，宗教道德法律皆屬之。……若夫禮拜耶和華，臣殉君，妻殉夫，早婚有罰，此等人為之法，皆隻行之一國土一時期，決非普遍永久必然者。人類將來之進化，應隨今日方始萌芽之科學，日漸發達，改正一切人為法則，使與自然法則有同等之效力，然後宇宙人生，真正契合。此非吾人最大最終之目的乎？或謂宇宙人生之秘密，非科學所可解，決疑釋憂，厥惟宗教。餘則以為科學之進步，前途尚遠。吾人未可以今日之科學自畫，謂為終難決疑。反之，宗教之能使人解脫者，餘則以為必先自欺，始克自解，非真解也。真能決疑，厥惟科學。故餘主張以科學代宗教，開拓吾人真實之信仰，雖緩終達。若迷信宗教以求解脫，直“欲速不達”而已！[2]