不過，當時基督教界的簡又文把新文化運動中積極提倡科學和新教育、新文化的一些人物，當然包括馬克思主義者，積極投身非宗教運動看成是違背了學術和學者的本位。他說：“這運動更顯得從前教育的一大弱點，即是少專門的學者。試看以一個研究生物學或政治學或其他科學的人，竟敢武斷的威權，冒學理的招牌，居然用最確定的字句以斷定宗教生死的命運！或者是以社會上大名鼎鼎的人，或者是新文化文學家，皆於宗教學研究無甚根底的，也奮筆直書，信口亂道！”不僅如此，他還直斥這些反宗教的新文化運動人物說：
這運動更顯出知識界學術界內，一個絕大和絕險之事，如不早治，恐將至危害社會，禍及國家的病症。一輩青年，眼見祖國社會之貧弱特甚和震救方殷，但自身又未有良好的教育訓練，因此不能用科學的手段和方法，加以宗教的精神和理想以尋求真理，用以救國救民；於是，自然（或者是中國社會遺傳的大弱點，如燕大校長司徒雷登氏所指出）歡迎由外洋輸運進口的學理、主義，及一概新奇的學說，不俟消化，未曾反想和研究其果合吾國情否，隨即欲實施諸吾國，從上麵以解決社會底下的各問題。所以，無論何國何世紀何時代何學者何時期所主張的何主義和何政策，一入吾國，簡直變了救急扶危起死回生的“萬應膏藥丸散”。
簡又文當時最擔心威脅基督教發展的，正是在五四新文化運動中迅速傳播的共產主義。因此，他特別指出：“近代中國學者們所標榜的主義‘多如牛毛’了，何以不能見諸實行呢？如今非宗教的運動，又借非教之名，以宣傳‘共產主義’與‘鮑雪維主義’了。因此，我隻勸勸新教育界的人檢出翻讀，並令中學以上學生必讀年前胡適之教授所著的《少談些主義多研究問題》一篇文章。”[129]