從以上四點反對的理由來看，有三點是直接涉及來華傳教士的。中國基督教會和中國基督教徒嚴重依賴來華傳教士及其差會的大力支持，自然難免不會同意或積極支持廢除傳教士在中國賴以獲得最大保護的不平等條約。
但是，這種情況到了1927年國民革命即將取得勝利和國民政府成立前後，就開始發生明顯改變。越來越多的中國基督教知識分子和教會領袖，經過1922年開始的非基督教運動和收回教會教育權運動，特別是1925年的五卅運動的教訓，已經明確認識到中國基督教必須積極要求和推動晚清以來的各種不平等條約的廢除。
如有中國基督徒認為：“非基督教運動，既非無的放矢，必是由來有自。況參與此次運動的人，多係知識階級，是否對否，頗費我們的研究，直到研究之後，便知事出有因。厥因維何？就是不平等的條約。當茲國家主義澎湃之時，國人感受不平等條約的束縛如何，這是宗主國同胞所知道，毋庸我來贅述。但我們所崇奉的宗教，不幸在曆史上確與不平等條約發生了若幹關係，而事實上，中西信徒又享受了不平等條約裏麵的宣教特殊權利，所以，反對不平等條約的人們，便遷怒於基督教了。”
也有中國基督徒認為：“教會固屬宗教團體，不宜幹涉政治，可是，傳教條約確與教會自身，如縷如織地發生了多少密切關係，是不容我們不出來幹涉的。傳教條款的加入，純為宣教而起，甚至有好幾件條款，還是教士們讚助他們本國公使起草的。誰說訂立之時，教會便得參與，廢除之際，教會竟不宜幹預呢？”[103]
還有中國基督徒認為，傳教條約為帝國主義列強強加在中國人民頭上的不平等條約之一。本來，傳教是奉耶穌基督之命，也是由西方母國差會資助的，與其所在國家的政府沒有關係，因此，不需要有什麽條約的。況且，耶穌說：“我差你們去，如同羊進了狼群，你們要靈巧像蛇，馴良像鴿子”。還說：“你們要我的緣故，被送到諸侯君王麵前，對他們和外邦人作見證。”“有人在這城裏逼迫你們，就逃到那城裏去。”耶穌並沒有說：“你不用我差你去，我會叫你所自出的國的政府和你傳教地的政府，訂立一種傳教條約，並有堅船利炮盾其後，有人要逼害你，你母國的政府一定會根據前所訂立的傳教條約，責成你傳教地的政府遵照保護，保護不力，或更幫同迫害，必定有大兵派到他們國裏去，叫他看見駭怕，不敢再惹你們，雖然身居虎口，仍是安如泰山，不用怕。”為什麽西方傳教士來到中國傳教，就不能夠遵循耶穌所說過的那樣去做，反而派出他們到中國來履行並且保守耶穌所沒有說過的呢？訂立保護傳教的不平等條約雖然都是政府所為，但是，不能否認，當初這些條約和條款的簽訂，都與受到迫害的來華傳教士向本國政府報告和強烈呼籲，以及他們親自參加談判和簽約有著直接的關係。[104]