在所有教育行政部門中，中央和省級是最重要的部門。沒有中央統領和省級統籌，就不可能有綜合高中課程的順利實施，甚至連綜合高中能否生存都是個問題。例如，辦學標準、高中階段畢業證書名稱、課程互通、學分互認、高考對接以及學籍管理等，如果國家規定高中畢業必修課程門類過多，那麽學生就沒有什麽選擇空間，綜合高中就隻能一校兩製，失去其本質意義和應有的價值。所以，課程實施的頂層設計非常重要，這個職能主要由教育行政部門承擔。
（一）中央和省級教育行政部門
綜合高中的課程實施需要各級教育行政部門、教研機構和學校的緊密配合。省級教育行政部門要切實推動高中階段辦學體製和辦學模式的改革，促進高中階段教育的課程結構優化，加快推進普職融通，積極適應經濟社會發展的需要。在推進綜合高中改革的過程中，省級教育行政部門要出台相應指導意見，對學校試點綜合高中的條件進行規定，然後通過學校申報、組織評審等流程確定試辦綜合高中名單（以及試辦專業）並給予相應經費支持，然後通過製定適用於綜合高中辦學理念和辦學目標的評估指標體係對試點學校（專業）進行評估，引導試點綜合高中健康發展。
從一定意義上來說，推進綜合高中改革，需要在普通高中和職業高中之外建立一套綜合高中的設立、指導、課程設置、考試以及評價體係，同時明確省級教育行政部門主管處室，便於開展各項工作。在省級教研係統中設置綜合高中教研員隊伍，加強綜合高中課程建設和教育教學研究，指導各綜合高中按照綜合高中發展目標，建構並實施課程體係，確保人才培養質量。省級教育行政部門要出台綜合高中課程方案，對綜合高中培養目標、綜合高中課程設置及標準，為綜合高中建設和發展設計綱領性文件。