綜合高中的“課程”是最能體現綜合高中特點、釋放綜合高中活力、實現綜合高中辦學目標的重要依托。綜合高中課程設計是一個龐大的體係工程，千頭萬緒。在這項係統工程中，如果能從幾個關鍵問題切入，就如同牽住了課程設計的“牛鼻子”，使整體設計有了抓手。綜合高中課程設計的關鍵問題主要有三個，即綜合高中課程目標的設計、綜合高中課程結構的設計和綜合高中課程管理的設計。
首先，綜合高中的課程目標既要符合高中階段教育的定位，又要突顯其不同於普通高中或職業學校的特征。就高中教育的性質而言，此階段的教育仍屬於基礎教育，擔負著進一步擴大和加深學生的知識與技能，為學生日後步入成人社會而承擔起個人的生活責任做準備的重任。教育目的集中在促進學生知識技能和道德情感的全麵發展，培養學生終身學習的能力，使學生具備靈活處理各種信息、適應社會環境變化並能創造性的工作的能力。這是得到世界各國普遍認同的高中階段教育的目的和任務，同時也是確立綜合高中課程目標的首要依據。
作為一種特殊的高中階段的辦學模式，綜合高中除了要承繼高中教育的使命之外，它在自身定位及培養目標上，有著明顯不同於傳統普通高中或職業學校的特點。教育家科南特就曾在《今日美國中學》（American High School Today）中指出，綜合高中是“按學生受教育的需要而設置課程的中學”[1]，其辦學目標除了要重視向所有學生提供合適的普通基礎教育之外，還要為高中畢業後就業的學生提供所需要的職業選修課程，為升學的學生提供相應的學術性課程。美國對綜合高中的內涵的界定影響了其後諸多國家和地區綜合高中的實踐。“以兼顧升學和就業雙重功能而促進普職融合”和“為不同發展傾向的學生提供相對均等的多次選擇的機會”成為綜合高中特有的“符號”，直接影響著綜合高中課程體係及其目標的設置。