在史學近代化的過程中，也伴隨著近代的曆史研究方法的出現。
1947年，顧頡剛在他的《當代中國史學·引論》中，講到當時的中國近百年史學的後期發展情況時寫道：
後期史學的麵目，是頗為新穎的。他（它）所以比前期進步，是由於好幾個助力。第一是西洋的科學的治史方法的輸入。過去的乾嘉漢學，誠然已具有科學精神，但是終不免為經學觀念所範圍，同時其方法還嫌傳統，不能算是嚴格的科學方法。要到五四運動以後，西洋的科學的治史方法才真正輸入，於是中國才有科學的史學可言。在這方麵，表現得最明顯的，是考古學上的貢獻；甲骨文和金文經過科學的洗禮，再加上考古學上的其他發現，便使古代文化的真相暴露了出來。此外如新的考據論文，多能揭發各時代曆史的真相，而史料的整理，也比從前要有係統得多。這都是科學方法之賜。[60]
在這之後，他還依次講到另外幾個“助力”：西洋新史觀的輸入，新史料的發現，歐美、日本漢學研究的進步，新文學運動的興起等。作者把方法置於第一個“助力”，足以表明那時相當多的一部分學人的認識。
在這裏，顧頡剛所說的“科學的方法”，主要是指近代考古學的方法和曆史考證方法。其影響所及，有對甲骨文、金文的新認識，有新的考據論文，有一係列考古新發現，有新的史料整理，從而有了對古史的新認識。這個“科學的方法”的提倡，以胡適為最早，而王國維、顧頡剛、陳寅恪、陳垣是取得成就最突出的史家，被稱為近代史學上的考據學派[61]。這個時期，梁啟超在史學上有廣泛的論述，他關於治史方法的倡導，產生了一定影響。
在二十世紀初的中國史學上，胡適被稱作是一個“最先有方法自覺”的人。而胡適自己也認為“‘方法’實在主宰了我四十多年所有的著述”[62]。胡適以其在新文化運動中的影響，又打著“科學”的旗號，故其倡言“方法”的言論，曾一度為不少人所接受。胡適所倡言的“科學的方法”，用他自己的話來概括，叫作“大膽的假設，小心的求證”，這10個字，是“胡適科學方法的商標”[63]。胡適的方法論，另一方麵標榜“尊重事實，尊重證據”，另一方麵又否認真理的客觀性，從而否認人們認識真理的可能性。他認為“一切‘真理’都是應用的假設”，“所有的科學律例不過是一些最適用的假設，不過是現在公認為解釋自然現象最方便的假設”[64]。可見，胡適的“科學的方法”實質上是實用主義方法。這種“方法”既不承認真理的客觀存在，“事實”和“證據”也就從根本上失去了它的價值。而其在對待具體史事上，“寧可疑而錯，不可信而錯”，實則是一種曆史虛無主義的方法論。