司馬遷作為中國古代史學的奠基者，不僅在於他具有深刻的曆史思想，還在於他具有豐富的史學思想。
司馬遷的史學思想之突出的地方，首先，是他的史學發展意識。所謂史學發展意識，它不隻是涉及有關史學的某些方麵的認識，而且極為看重史學是史學家們不應為之中斷的、具有連續性的神聖事業。他在《史記·太史公自序》中鄭重地寫道：
先人有言：“自周公卒五百歲而有孔子。孔子卒後至於今五百歲，有能紹明世，正《易傳》，繼《春秋》，本《詩》、《書》、《禮》、《樂》之際？”意在斯乎！意在斯乎！小子何敢讓焉。[93]
“小子何敢讓焉”，這是把“紹明世”、“繼《春秋》”的工作同周公、孔子的事業聯係起來，還有什麽比這更重要的呢？在司馬遷看來，“《春秋》辨是非，故長於治人”；“《春秋》以道義”，“撥亂世反之正，莫近於《春秋》。《春秋》文成數萬，其指數千。萬物之散聚皆在《春秋》”。可見，所謂“繼《春秋》”，確乎是神聖的事業。司馬遷自覺的史學發展意識，可謂鮮明而又強烈，是先秦時期史學中不曾有過的。司馬遷的史學發展意識，轉化為偉大的史學成果《史記》，作為“一家之言”卓然自立。司馬遷說的“成一家之言”，不僅僅是指《史記》說的，而且也是指“史家”說的。戰國時期有諸子百家而“史記放絕”，司馬遷要改變這種狀況，他要使曆史撰述也成為一“家”。這在史學發展上，是一件具有劃時代意義的事情。
其次，是他對史學的社會作用有深刻的認識。他指出：
居今之世，誌古之道，所以自鏡也，未必盡同。帝王者各殊禮而異務，要以成功為統紀，豈可緄乎？[94]
這段話的大意是：現今的人們，認識古人的行事，目的是為了給自己做一麵鏡子以為借鑒，而不必去完全模仿古人的做法。不同時期的帝王大凡都有各自的禮法製度及重要事務，歸根到底都是以獲得成功為總的目標，既不可把它們混同起來，更不可以把古今混同起來。這是對於史學之社會作用的極精辟的說明。曆史上人們的做法和經驗，不可照樣搬用；不同時期的人們都是根據自己所麵臨的問題，為了獲得成功而各有不同的做法。人們之所以要考察和認識曆史，是為“自鏡”，為了有更多的借鑒，增添成功的因素。司馬遷一方麵肯定曆史有“自鏡”的價值，另一方麵又反對混同古今而模仿曆史。他既肯定了史學對於社會的積極作用，又反對把這種作用做庸俗化的理解。兩千多年前，司馬遷提出的這一認識，具有重要理論價值和社會意義。