司馬遷撰《史記》，是有明確的曆史思想做指導的。他在《報任安書》中，隻用了幾句話就把這個指導思想做了概括，這就是：“網羅天下放失舊聞，考之行事，稽其成敗興壞之理，凡百三十篇，亦欲以究天人之際，通古今之變，成一家之言。”[66]其中，“究天人之際，通古今之變”即探究天人關係、疏通古今變化的主旨，集中地反映出司馬遷曆史哲學的精髓。
在漢武帝時代，關於天人關係和古今關係，是思想界關注的大問題。經學大師公孫弘（公元前200—前121）認為，當時的詔書律令都能“明天人分際，通古今之義”[67]。漢武帝舉賢良冊問中也有“善言天者必有征於人，善言古者必有驗於今”的話，也是說的天人關係和古今關係；至於董仲舒的以賢良對策，則是闡述“天人之征，古今之道”[68]的大文章，具有廣泛的影響。但他們所宣揚的是要“跡之於古，返之於天”，在曆史觀上是保守的、唯心的。司馬遷的曆史哲學是與此相對立的。
司馬遷講的“究天人之際”，首先，強調天人相分，即認為天道與人事是不相幹的。《伯夷列傳》就最明顯地反映了這個認識，他以伯夷、叔齊和顏淵為例，對“天道無親，常與善人”的說法進行批評，說：“天之施善人，其何如哉？”到了近世，“操行不軌，專犯忌諱”的人，“終身逸樂，富厚累世不絕”；反之，公正發憤的人“而遇災禍者，不可勝數也”。由此，司馬遷深沉地寫道：“餘甚惑焉，倘所謂天道，是邪非邪？”又如上文講到，司馬遷對項羽英雄一世但從不自察，臨死之前還一再說“此天之亡我，非戰之罪也”，取嚴肅的批判態度，說是“豈不謬哉！”這都是不承認天道可以幹預人事。這跟董仲舒宣揚的“天人感應”說是相對立的。其次，司馬遷對當時盛行的封禪祭祀、祈求神仙的活動的虛妄，予以深刻的揭露。他批評漢武帝：“今上封禪，其後十二歲而還，遍於五嶽、四瀆矣。而方士之候祠神人，入海求蓬萊，終無有驗。……天子益怠厭方士之怪迂語矣，然羈縻不絕，冀遇其真。”由於天子的欲罷不能，所以“自此之後，方士言神祠者彌眾，然其效可睹矣”[69]。這就大大毒害了社會風氣。“然其效可睹矣”這句話，是多麽強烈的諷刺！最後，司馬遷刻意寫出了人事在曆史發展中的重要作用。他在《太史公自序》裏說，三十世家，是要寫出“輔拂股肱之臣”的“忠信行道，以奉主上”；七十列傳，是要寫出那些“扶義俶儻，不令己失時，立功名於天下”的人們的活動。在中國史學發展上，這是第一次把人的活動放到如此重要的曆史位置上來看待。司馬遷的這一意識，在他寫秦漢史事時尤為突出。他評價陳勝說：“陳勝雖已死，其所置遣侯王將相竟亡秦，由涉首事也。”[70]他讚揚劉敬“脫挽輅一說”，獻定都關中之策，“建萬世之安”[71]。稱讚陳平在漢初“常出奇計，救紛糾之難，振國家之患”，後又在諸呂之亂中“定宗廟，以榮名終，稱賢相”，“非知謀孰能當此者乎？”[72]這是強調了智謀的作用。與此相關的是，他評論晁錯、主父偃在對待劉姓諸王問題上的得失時指出：“安危之機，豈不以謀哉？”[73]認為：“君子用而小人退”，這是“國之將興”的征兆，而“賢人隱，亂臣貴”則是“國之將亡”的跡象。進而指出：“甚矣，‘安危在出令，存亡在所任’，誠哉是言也！”[74]這是把如何用人看作是國家安危存亡之所係。他還指出：要使國家強盛太平，“唯在擇任將相哉！唯在擇任將相哉！”[75]