中國古代史學發展到明清時期，有兩個極明顯的特點，一是越來越具有更廣泛的社會性，二是出現了批判、總結的趨勢，同時也萌生著嬗變的跡象。大致說來，史學理論的發展，也不能脫離這兩個特點，而在後一個特點上表現得更突出一些。因此，這可以被看作中國古代史學理論的終結階段，其特征便是批判、總結和嬗變。明後期的王世貞、王圻、李贄，明清之際的顧炎武、黃宗羲、王夫之，清前期的王鳴盛、趙翼、錢大昕、崔述、章學誠、阮元、龔自珍等，在史學理論、方法論方麵，都各有不同的成就和貢獻。
在史學的批判總結方麵，王世貞對國史、野史、家史的總體性評論，具有方法論的意義。他曾著《史乘考誤》11卷。在卷首小引中，他指出了國史、野史、家史的種種弊端，然後寫道：“雖然國史人恣而善蔽真，其敘章典、述文獻、不可廢也；野史人臆而善失真，其征是非，削諱忌，不可廢也；家史人諛而善溢真，其讚宗閥、表官績，不可廢也。”他對國史、野史、家史的這種估價，不同於一些史家所持的片麵性看法，而帶有辯證的因素。同時，他的這個見解，是建立在對於許多文獻、史料辨析的基礎上提出來的，故尤其具有方法論的價值。李贄在史學理論上的批判精神，比王世貞要突出得多。其主要之點，是針對以往的社會曆史觀提出來的，而核心又在於曆史評價的是非標準。李贄認為：“人之是非，初無定質；人之是非人也，亦無定論。無定質，則此是彼非並育而不相害；無定論，則是此非彼亦並行而不相悖矣。”這是肯定了人們認識事物的“是”與“非”是可以同時存在的，甚至可以“並育”以促進認識的發展。他進而指出：漢、唐、宋三代，“中間千百餘年而獨無是非者，豈其人無是非哉？鹹以孔子之是非為是非，故未嚐有是非耳”[28]。這是明確地提出，在曆史評價上應當改變“鹹以孔子之是非為是非”的傳統價值觀念。李贄的這一認識，包含有相對主義的因素，但在當時對於突破傳統曆史思想的束縛方麵，是有積極意義的。這反映出史家在史識的理解上已開始提出了新的認識。王圻有豐富的曆史撰述，《續文獻通考》是他的代表作。《續文獻通考》在史學理論上有兩點是極為突出的，一是重視曆史撰述上的批判繼承，二是重視史學的經世致用。他對馬端臨《文獻通考》的批判繼承表現在：第一，要改變“詳於文而獻則略”的情況；第二，增加遼、金典製；第三，增設若幹新的門類。從《通典》《通誌·略》《文獻通考》到《續文獻通考》，古代史家尊重前人成果又不囿於前人陳說的學風和思想，表現得十分明顯。對前人著述和思想批判繼承的理論，無疑是古代史學理論的一部分。