恩培多克勒認為，人的靈魂由於獲罪而墮落，從而成為“一個從天上放落下來的流**者”[25]。但可以使靈魂擺脫輪回得到淨化，升華而重返理想的神聖樂園。人是靈魂輪回的最高形式，但他必須通過種種淨化手段，滌除罪惡，才能使靈魂重返到與諸神同在的極樂至境。恩培多克勒所說的淨化手段，提到奧菲斯教用淨水洗身這種教義，人們必須“從五泉中汲水盛入堅實的銅盤來洗淨自己”[26]。根據希羅多德的記載，憑水進行淨罪，當時在希臘世界是盛行的：
呂底亞人的洗淨的儀式和希臘人的洗淨的儀式是差不多的。[27]
恩培克多勒另行提出三種淨化的途徑。
第一種淨化方式：禁忌吃肉、豆類、月桂。
基於萬物血緣相通，動物的軀體中寄藏著同人的靈魂有親緣關係的靈魂，吃肉無異是一種吃親骨肉的極大罪惡。按照他的邏輯來推論，一切植物中也寄藏著靈魂，但在蔬食中也隻劃出兩個禁區，告誡：“絕對戒食月桂樹葉”，“切莫去觸動豆類”[28]。其原因大概是在於：在奧林匹亞賽會上製作“桂冠”的月桂樹葉，是靈魂在植物中寄托的最高形式；而豆類，畢達哥拉斯早已認同它與人的生命有親緣關係。因此，恩培多克勒猛烈抨擊當時盛行血祭儀式的希臘通俗宗教：“你們還不停止那種瘋狂的屠宰麽?你們不曾看到，在這種由於你們心裏的輕率和粗鄙所造成的活動中，你們在自相吞噬!”[29]因為在血祭中屠殺的犧牲，同人有血緣關係，所以他指責血祭是親骨肉自相吞噬。
第二種淨化方式：憑借美德。
在倫理道德生活中不可做壞事，“戒絕邪惡”[30]。他曾說過：“你們是被邪惡弄得心神狂亂了，你們那負荷著罪孽的靈魂將不能忍受。”[31]靈魂在邪惡的重壓下是不能解脫的。現在留存的殘篇中，關於這種道德淨化，沒有更多的闡述。根據亞裏士多德的記載，恩培多克勒是將愛和爭看作是善和惡的原則，由此可以推知，他認為道德上的邪惡也是由爭所引起的。他在《淨化篇》中，正是將愛和爭主要看作是善和惡兩種倫理價值的力量。他主張用愛的道德聯結人們，過善良、恬靜的生活。