奧菲斯教—畢達哥拉斯學派的靈魂概念，標誌著人類的自我意識的進展中的一種重要階段，沒有這種進展，柏拉圖和亞裏士多德不可能進展到這種理論，即認為人的精神是神性的，並認為人的感性的本性能夠和他的真正精神本性的自我相分離開來。正是這種分離，使人的真正作用得到完善。恩培多克勒受到這種觀念的激勵。他意識到自己的靈魂在伊奧尼亞哲學的秩序井然的宇宙中找不到歸宿，從而轉向從奧菲斯教—畢達哥拉斯學派的靈魂概念中尋求補償，為自己在這個宇宙中找到一個位置。正是這種觀念，促使他在《淨化篇》中追隨奧菲斯教—畢達哥拉斯學派的靈魂觀。
首先，恩培多克勒認為人的靈魂本來住在諸神的樂園裏，同諸神共享至福，由於墮落而被放逐和輪回轉生。
恩培多克勒聲稱他自己因為相信“爭”，所以成為從天上放落下來的流浪者：“從那光榮之鄉，從那至高的福境，我墮落在這大地，徘徊在芸芸眾生之中。”[18]而靈魂之所以會獲罪而墮落，是同愛和爭兩種力量的鬥爭緊密相關的。在《論自然》中，愛和爭主要是作為物質性的、使事物結合和分離、吸引和排斥的力量。可是在《淨化篇》中，愛和爭主要是作為善和惡兩種倫理價值的力量，可以使靈魂從善而升華或使靈魂作惡而獲罪的兩種對立的精神原則了。在他看來，由“爭”主宰的宇宙是惡的宇宙，由“愛”主宰的宇宙是理智的宇宙。愛和爭是善和惡兩個對立的原則。按照它們之間的邏各斯，事物被“爭”分割開來，又被“愛”結合在一起，成為和諧的“一”[19]。
在恩培多克勒看來，靈魂所寄托的凡間現實世界，在很大程度上處於“爭”的影響下。“爭”是人類所處的凡俗生活，是造成種種紛亂、戰爭、災難和死亡的罪惡的淵藪。他以陰鬱的口氣向接受布道的聽眾們描繪：人們生活的塵世，是一個充滿紛爭、不幸和哀怨的悲慘世界。他說：“當我看到這陌鄉異壤，我悲泣，我嗚咽”，靈魂降生到這大地，“我們隻是來到這客居的洞穴之中”[20]。人世間存在著種種對立：“有著血汙的爭鬥和慈善的和諧，公道和邪惡，興盛和凝滯，可愛的確實的真理和黑暗的變易無常，生和滅，睡和醒，動和靜，加冕的帝王和群氓賤民，安寧和喧囂”等。[21]人們生活的這個現實世界充滿了種種災難。他哀歎：“這個悲哀的大地，總是伴隨著死亡、神譴和給人厄難的征伐；炙人的瘟疫、腐爛和洪水於黑暗中在草地上泛濫。”[22]任何生物都可以變成僵死的枯骸。因此，他要聽眾們幡然醒悟：“唉，淒苦的芸芸眾生，哀愁無福的人們，你們就是這樣從爭和哀怨中出生的!”[23]