畢達哥拉斯學派不僅認為數是萬物的本原，而且還認為對立也是萬物的本原。
一 和諧來自對立
亞裏士多德記載，畢達哥拉斯學派中的另一些人說有十對本原：“有限—無限、奇—偶、一—多、右—左、雄—雌、靜—動、直—曲、明—暗、善—惡、正方—長方”，並明確規定它們是相反的東西；“‘相反’是事物的本原”[23]。
根據這一派的見解，作為“相反”的“對立”導致和諧。公元1世紀時期畢達哥拉斯學派哲學家和數學家尼各馬科在他的《算術引論》中，就記載下菲羅勞斯的這種觀點：
和諧總是來自對立，因為和諧是不同因素的統一，以及是相反的因素的協調。[24]
尼各馬科又不指名提到另一些早期畢達哥拉斯學派的成員，也有相類似的觀點：
一般地說，和諧起於差異的對立，因為“和諧是雜多的統一，不協調因素的協調”（引斐安的話），畢達哥拉斯學派（柏拉圖往往沿用他們的學說）也說：音樂是對立因素的和諧的統一，把雜多導致統一，把不協調導致協調。[25]
畢達哥拉斯學派雖然不是最早論述有關對立問題的哲學家，但是認為萬物的本原是一對對的對立的，卻是從他們開始的，並進而認為由於一對對的對立的因素，或相反的因素導致和諧統一、協調。表明他們的美學思想中含有辯證法的因素。他們正是以這種辯證的觀點來探討從個人到國家乃至整個宇宙的和諧。
公元2世紀時的柏拉圖主義者士麥拿的忒昂（Theon of Smyrna）在他那部專門討論算術、音樂和諧理論以及天文學的著作中就談到，畢達哥拉斯學派稱音樂是對立的和諧，是對立事物的統一和相互鬥爭因素的調和。因為，他們不僅要求節奏和旋律，而且要求宇宙的整個係統都要依賴音樂，而音樂的目標就是統一與和諧。神使相互鬥爭的因素達到和諧。實際上，這正是神運用音樂和醫學的最大的目的，即使那些敵對的事物達到和解。正像畢達哥拉斯學派所說的那樣，音樂是自然中諸多事物統一的基礎，是世界上最好事物的基礎。作為一個法則，音樂在宇宙中采用了和諧的形態，在國家中采用了合乎法律的政府形式，在家庭生活中采用了通情達理的方式。它帶來了一致與統一。因此，體現和諧與統一的音樂，具有無比巨大的重要作用：