早期的畢達哥拉斯學派，除了積極參加政治活動外，又是一個宗教團體和從事數理學科研究的組織。畢達哥拉斯的門徒雖有“信條派”和“數理學派”之分，但在學說上不無相互滲透之處，這點在他們通過音樂來使靈魂得到淨化的觀點上體現得比較清楚。
特別是早期畢達哥拉斯學派的靈魂學說，首先受到費雷居德和埃及宗教的影響，肯定靈魂輪回轉世說：
畢達哥拉斯對他的門徒們講些什麽，沒有一個人能夠肯定地說得出來，因為門徒們保持一種異乎尋常的緘默。可是，以下幾點是眾所周知的：首先，他認為靈魂是不朽的；其次，靈魂能夠移居到其他生物體中去，而且循環反複出現，以致沒有一件絕對新的東西；最後，因此可以說一切有生命的東西都是血緣相通的。[34]
其次，受奧菲斯教派等的影響，將肉體看作是墳墓，而靈魂則是神性的一部分。早期的畢達哥拉斯學派將靈魂看作是不變的、看不見的、神性的，而肉體則是變化的、看得見的、有死的。從而認為，人的靈魂要得到“淨化”，才能擺脫輪回，達到不朽。再次，肯定靈魂是一種和諧、諧音。亞裏士多德有兩則被人們歸諸和畢達哥拉斯學派有關的記載：
讚成這種學說的人說，靈魂是一種和諧，因為和諧是由對立組合或結合起來的，而肉體就是對立組合而成的。[35]
在我們身上似乎有一種類似樂調和諧音的東西，所以有些哲學家說靈魂是一種諧音，別的哲學家則說靈魂具有諧音。[36]
“輪回轉世”說和“肉體墳墓”說，同“靈魂和諧”說是不相容的，但根據記載都是早期畢達哥拉斯學派所主張的。就他們而言，集中到一點，就是通過“淨化”才能擺脫肉體對靈魂的羈絆。其不同的成員，就此提出不同的“淨化”或拯救的途徑。