《魏書》撰成後，曾經在北齊統治集團中引起激烈的爭論。有人說它“可謂博物宏才，有大功於魏室”，“此謂不刊之書，傳之萬古”，也有人說它“遺其家世職位”，或是“其家不見記錄”，甚至還有人說它記事“妄有非毀”，是一部“穢史”。北齊皇帝高洋、高演、高湛都相繼過問此事，十幾年中魏收兩次奉命修改《魏書》，所改僅限於個別門閥人物的先世。足見這場紛爭，不過是因《魏書》宣揚門閥而又未盡如門閥之意而引起的，以此把它誣為“穢史”，是沒有道理的。唐初以後，又有人說《魏書》“黨齊毀魏”，記東魏、北齊間史事存在曲筆，用以加重“穢史”的口實。這就過分誇大了《魏書》的曲筆。事實上，唐初史學家們在討論修撰前朝史時，已承認了《魏書》的“正史”地位，說它“已為詳備”。李延壽在《北史·魏收傳》後論中，一方麵批評了魏收對《魏書》糾紛在人事上處置的失當，一方麵又充分肯定了《魏書》的曆史地位，說它“追蹤班、馬，婉而有則，繁而不蕪，持論序言，鉤深致遠”。隋唐時期，重撰元魏史者甚多，但千載而下，諸家盡亡而《魏書》獨存，說明它確是一部有價值的皇朝史。
《魏書》是一部有很高史學價值的“正史”，但是唐太宗貞觀十年（636年），李百藥在他所撰的《北齊書·魏收傳》裏，以北齊人之口，把《魏書》號為“穢史”。此後，無論是古人還是今人，也有為《魏書》講幾句公道話的，但還不能從根本上替它洗去“穢史”之名。這裏我們要對這一問題作簡要的曆史考察，以證“穢史”說之非。
魏收在北魏末年和東魏時期一直擔任史職，但他正式受詔撰《魏書》，是在北齊天保二年（551年）。他主要做了三件事：一是“博總斟酌”，對前人所修魏史的成果作通盤的研究，製訂新的修撰計劃；二是“辨定名稱，隨條甄舉”，確定具體的內容和條目；三是“搜采亡遺，綴續後事”[181]，對前人所記史事進行補充或續作。在沒有完整的紀傳體魏史做參考的情況下，魏收和他的助手們隻用了三年多的時間，就撰成包括紀十二卷、傳九十八卷、誌二十卷的《魏書》。應當說，這件事情本身就有值得稱道的地方。