皮爾士的科學方法論與其意義理論密切相關。科學方法的任務是確定信念，信念總是以思想、觀念、判斷的形式存在，它們的意義必須清楚明白。皮爾士的意義理論的主要內容就是澄明思想、觀念等的意義。這一理論在皮爾士整個實用主義哲學中具有重要地位。杜威曾談道，皮爾士把實效主義“這個名詞的含義局限於確定諸種名詞，或更確切地說，諸種命題的意義。這種理論本身並不是關於試驗，或真理，或命題的理論。因此，他最早的論文的標題是‘怎樣使我們的觀念清楚明白’。在他後期的著作中，當他把這個名詞當作一種真理論時，他企圖用受到更大限製的實效主義來指稱他本來的特殊意義”[14]。一些西方哲學家認為，強調意義理論甚於強調真理論是皮爾士實用主義不同於詹姆士等人的主要表現之一。杜威就明確指出“即使是就命題的意義來說，皮爾士的實效主義與詹姆士等人的實用主義也存在著明顯的區別”[15]。
皮爾士和詹姆士的這種區別主要表現在詹姆士強調命題的意義在於所引起的行為的特殊結果。詹姆士在《哲學概念和實際效果》中談道，“任何哲學命題的有效意義，總是可以見諸某種特殊的後果，見諸我們未來的實踐經驗中，不管是能動的還是被動的；關鍵之點在於這種經驗必然是特殊的這個事實，而不在於它必然是能動的這個事實”[16]。皮爾士強調的則不是特殊的效果，而是實踐和行動，以及由此得出的具有一般意義的命題。在他看來，對命題的斷定實際上所預示的必然隻是對一切實驗現象的一般描述，這不可能隻是單純的現在，而必須引向未來，每一命題的理性的意義在於未來。正如杜威指出的，“皮爾士更加強調實踐（或行動），而不是特殊的東西。事實上，他把重點轉向了一般……意義既同一於未來，又同一於一般”。皮爾士“把意義同一於習慣的形成，或者說，具有盡可能最大的一般性、可以運用於最廣大範圍的特殊性的行為方式的形成”[17]。