盡管（與意識形態不同的）“思想的上層建築”概念，消除了“意識形態的上層建築”概念中固有的矛盾，但它本身並沒有擺脫諸多問題的困擾。首先需要強調的一個問題就是，將意識表述為一種由（經濟）基礎決定的思想的上層建築是否恰當？換言之，傳統的“基礎—上層建築”空間表述必須在意識生產的語境中予以檢視。盡管1859年“序言”似乎已將“上層建築”這一術語限製在法律和政治層麵，《德意誌意識形態》和《路易·波拿巴的霧月十八日》等文本也將政治和意識納入“上層建築”這一術語之下使用。“基礎—上層建築”的空間想象意指：社會意識形式不具有自主性，也不是自行產生的，它們的產生是以一定的社會生產關係為基礎的。麥克斯·阿德勒（Max Adler）指出，這一建築物比喻主要是為了鮮明地反對唯心論者的形而上學和唯心主義（後者企圖賦予思想以自我發展的自主性）。[1]
不難發現，這一空間想象帶來了認識上的一些困惑，也的確引入了一些與當初意指正相反的內涵解讀。一方麵，將上層建築與產生它的基礎或根基區分開來的做法，會讓我們以為意識是一種次要的現象，一種純粹的反思，其現實性最終要在生產關係中尋找。意識於是就被剝奪了具體的內容和意義，被歸結為經濟關係。這種極端還原論的一個例子就是由列寧提供的：列寧在第一次進行理論分析時指出，馬克思在《資本論》中對經濟結構的解釋僅僅是從生產關係的角度來進行的，不過在這樣做的時候，也總是提及與此相應的上層建築。[2]仿佛已無須分析上層建築本身了。這與列寧後期對政治和“意識形態的”領域等的重要性和自主性所做的重點強調之間形成了鮮明的對比。
另一方麵，空間想象可能會引發與原初含義相左的解讀，如把基礎和上層建築視為孤立的和自足的總體——經濟、國家和意識形態——它們以特定的方式結合在一起因而產生了某種“生產方式”，它們還以某種具體的方式互相作用、互相影響。這些總體之間的關係被認為是對業已形成的實體的外在的影響因素，其影響效應存在著程度上的差別。基礎和上層建築因此就成了一種實體化的存在，仿佛構成了一個具有相對自主性的領域，在這其中有一些因素可以決定另外一些因素，或其中有一個因素具有最終的首要決定性作用。這樣一種解讀（特別是在某些結構主義者那裏）就體現在辛迪斯那裏，因為辛迪斯在批判“相對自主性”時指出：“我們要麽有效地將政治的和意識形態的現象歸結為受其他因素（主要是經濟因素）決定的階級利益……要麽就必須麵對政治和意識形態現象的真正的自主性以及它們之於由經濟結構所決定的利益的不可還原性。”[3]問題是，在這裏（就像在其他許多情況下一樣），辛迪斯真是過於著急將阿爾都塞的立場視為真正的馬克思主義者的立場了，因此他的批判誤將結構主義對馬克思的闡釋當成是馬克思自己的了。