現代思維的發展表明，任何思維和論斷中都存在著矛盾。現代思維本身就是從思維矛盾的辯證本性中生長出來的，它自覺地承認辯證矛盾，並把這一矛盾作為自身活動的原則。譬如，現代科學思維中的不完全定理、測不準原理、相對性原理、人擇性原理等從各個方麵體現出辯證矛盾。不完全定理體現著整體與非整體的矛盾，測不準原理體現著絕對與相對的矛盾，人擇性原理體現著主體與客體的矛盾。而現代科學發展中的一係列“悖論”的出現，一方麵說明，人類思維發展中的“受阻”及其行程的曲折性，另一方麵表明，實證性思維與辯證性思維的存在正是思維內在矛盾發展的必然產物。
我不能同意這樣一種觀點，即矛盾概念導源於對“力”的理解，隻是對作用力與反作用力的邏輯抽象，而現代係統論已經揚棄了“矛盾”觀念。這種觀點把近代對矛盾的理解絕對化了，其片麵性體現在三個方麵：一是矛盾概念的產生並不是對“力”的抽象，在牛頓力學產生之前，矛盾概念已經在直觀的、經驗的形態上形成了；二是從“力”的兩極化抽象出的矛盾概念，僅僅是近代機械性思維的反映，隻是對矛盾的一種特定的曆史的理解；三是係統論不可能揚棄矛盾論，它揚棄的隻是機械論的矛盾觀，相反，現代係統論本身就體現著認識的深層矛盾，沒有矛盾，也就沒有係統。係統本身就是整體與部分、方麵與要素、結構與功能矛盾的產物，而“係統悖論”的提出，本身就表明係統論本身也逃避不了矛盾。係統論並沒有否定矛盾，而是深化了矛盾的內涵，展開了矛盾的新層次，體現出現代科學對矛盾的深層理解。
“辯證法本來是人類全部認識所固有的”（列寧語），矛盾是人的認識中內在的、固有的因素。隻要人在思維著，運用著語言、符號、邏輯，就必然產生矛盾。矛盾是思維的本質，這是由主體與客體、主觀與客觀、連續與間斷、全麵與方麵的諸多關係決定的。