哲學與科學，同為有係統之學說。其所異者，科學偏重歸納法，故亦謂之自下而上之學；哲學偏重演繹法，故亦謂之自上而下之學。古代演繹法盛行之時，但有哲學之名；今之所謂科學者，悉包於哲學之中焉。
蓋人智之萌芽，本為神話，拜物之習，擬人之神，雷公電母，迎虎祭貓，皆自然科學之對象也。世界原始之談，人類生死之解，中國之盤古及感生帝，印度之梵天及輪回說，《舊約》之《上帝創造世界記》，皆哲學之對象也。然以偏於科學對象者為多。本此等神話而組成不完全之係統，引以切近人事，於是有宗教。中國之喪祭等禮，印度之婆羅門，波斯之火教，猶太人之《舊約》皆是也。其理論亦大抵包有近世科學之對象，而關於哲學者為多。其後人類又迫於科學思想之衝動，不饜於此等獨斷之宗教，乃各以觀察所得者立說，是為哲學之始。如中國之八卦說、五行說，印度之六派哲學（數論勝論等），希臘之宇宙論，皆毗於自然界之獨斷論也。及其說為時人所厭，而懷疑派之哲學，繼之而起，於是有中國之少正卯一流。（《荀子·宥坐》篇：“孔子曰：人有惡者五，而盜竊不與焉：一曰，心達而險；二曰，行辟而堅；三曰，言偽而辯：四曰，記醜而博；五曰，順非而澤；少正卯兼有之，故居處足以聚徒成眾；言談足以飾邪營眾；強足以非是獨立。此小人之桀雄也”。正與希臘詭辯派相類），印度之六師外道，希臘之詭辯派；此等懷疑之論，不足以久維人心，於是有道德論之哲學繼之。如中國之孔子，印度之佛，希臘之蘇格拉底是也。佛氏以宗教之形式，闡揭玄學；其後循此發展，永為宗教性之哲學，遂與科學無何等之關係。孔子之後有莊子，蘇格拉底之後有柏拉圖，皆偏於玄學者也。孔子同時有墨子，蘇格拉底之後有亞裏士多德，則皆兼治科學者也。莊子之哲學，為神仙家所依托，而有道教；柏拉圖之哲學，為基督教所攀援，而立新柏拉圖派，則又由哲學而轉為宗教矣。中國墨學中絕，故以後科學永不發展；而宗仰孔子之儒家，自漢以來，不能出煩瑣哲學之範圍。西洋之宗教，引亞裏士多德學派以自振，故中古之煩瑣哲學，雖為人智之障礙，而科學之脈未絕。及文藝中興以後，思想界以漸革新，自然科學，次第成立。於是哲學與科學之關係，緣之而起焉。