在上文中，阿爾都塞分析，意識形態是人類社會的客觀結構，是人們體驗世界的必要的中介，這是他對意識形態作為一般社會結構的揭示。但是，在其師巴什拉的科學認識論的影響下，阿爾都塞認為，意識形態不僅在社會曆史中發揮一般作用，它是一種客觀的總體認知結構，是一種與“科學”相對的、資產階級的問題式。值得注意的是，這裏的認知結構既不是具體到個人主體的認識過程，也不是我們傳統的主客體的二元認知構架。阿爾都塞正是從反對這一二元認知怪圈出發，揭示出西方哲學史傳統認識論中的意識形態問題式，以完成“認識論斷裂”（coupure épistémologique）而走向科學的問題式。
首先，讓我們認識下阿爾都塞的問題式概念。在法文中“問題式”（problématique）的原初意義是提問方法或可疑的，阿爾都塞是從他的好友雅克·馬丁那裏借用了這一概念，“以指出理論形態的特殊統一性以及這種特殊差異性的位置”[10]，也就是用來指認問題生成背後的主導隱性構架。值得注意的是，這個問題式，絕不是在個人主體的具體認識過程中，而是在宏觀曆史總體上指認的客觀的認知結構。它發生在客觀的曆史的思維過程中，而不是發生在個人主體的思維中，這顯然是阿爾都塞受到結構主義和巴什拉科學認識論影響的結果。所以，阿爾都塞強調的思維，不是單個個體的意識活動，不是超驗主體的絕對能力，而是具有客觀結構的現實體係。
“思維”是特有的現實體係，它是在同自然保持著一定關係的一定曆史社會的現實世界中產生和形成的，它是一種特殊的體係，它是由它的存在條件和它的實踐條件所規定的，也就是說是由特有的結構（une structure propre）規定的。[11]
如此一來，不論是思維活動，還是認知過程，在阿爾都塞的結構主義思想下都是客觀生成的宏觀結構，個人主體及其具體的認識活動都如同曆史中的小波瀾可以被忽略不計，真正發生決定作用的是社會曆史背後的宏觀結構。所以，在阿爾都塞看來，意識形態問題式是一種宏觀的認知構架，並且整個西方哲學的認識內容背後就是意識形態的問題式，其問題式的秘密就藏在傳統的主客體二元認識結構中。