正如老黑格爾早就告訴我們的，方法不是某種外在的、可以棄置不顧的東西，它總是內在於整個哲學研究和敘述的過程中。在探討馬克思哲學的當代價值時，我們同樣不能忽略方法論問題。我覺得，特別需要注意的是以下兩點：
其一，追求概念的明晰性。盡管我們並不像早期維特根斯坦一樣，主張在人工的、理想的語言環境中討論哲學問題，但當我們運用日常語言來討論哲學問題時，尋求概念上的相對的明晰性還是必要的。比如，“馬克思哲學”與“馬克思主義哲學”這兩個概念之間就存在著重大的差異。這種差異甚至連馬克思本人都不加以否認，恩格斯在1890年8月5日致康·施密特的信中這樣寫道：
正像馬克思關於70年代末的法國“馬克思主義者”所曾經說過的：“我隻知道我自己不是馬克思主義者。”[1]
在我們看來，“馬克思哲學”指的是蘊含在馬克思本人的著作、手稿、書信、談話等“原始資料”中的馬克思的哲學思想，而“馬克思主義哲學”在最廣泛的意義上指的則是馬克思同時代的或以後的研究者在對馬克思哲學思想的理解和解釋中形成的各種文本，也就是我們通常所稱的“第二手資料”。在這樣的理解和解釋的過程中，由於研究者的先入之見的融入，必然會形成多元的或複數的“馬克思主義哲學”，如蘇聯模式的馬克思主義哲學、當代中國的馬克思主義哲學、西方馬克思主義哲學，等等。所以，我們首先要探討的應該是以原始資料為基礎的“馬克思哲學”的當代價值，而不是以第二手的資料為基礎的“馬克思主義哲學”的當代價值。
其二，避免落入“分析目的論”的窠臼。法國哲學家阿爾都塞在《保衛馬克思》一書中曾經批判過這種錯誤的方法論思想。所謂“分析目的論”指的是人們在研究曆史人物時，極易把人們已經掌握的這位曆史人物的晚期思想作為目的引入到對他的早期思想的分析中。如有的學者批評維克多·法裏阿斯在其《海德格爾和納粹》一書中竟把海氏青年時期的一舉一動都寫成納粹的模樣，這裏顯然有“分析目的論”在起作用。同樣地，當我們研究馬克思的早期哲學思想時，也要避免這樣的做法，即把他的晚期哲學思想作為預先懸掛在那裏的目的引入到對他的早期哲學思想的分析中。這種“分析目的論”的方法不但會使研究者忽略青年馬克思的哲學思想與當時的現實生活之間的互動關係，把馬克思哲學思想的發展理解為不同文本之間的更替，也會導致對馬克思哲學思想理解的簡單化。所以在方法論上，我們應該把兩種不同的視角綜合起來：一是“源”，即現實生活與馬克思哲學思想之間的關係；二是“流”，即傳統的或同時代的哲學文本與馬克思哲學思想之間的關係。隻有運用正確的方法，才能再現出馬克思哲學思想的真諦和它的全部豐富性。