長期以來，在馬克思主義哲學研究的領域中存在著一個禁區，即難以深入地討論馬克思和恩格斯哲學思想之間存在的差異。其實，就馬克思個人來說，他青年時期的思想與成熟時期的思想之間也存在著差異，更何況馬克思和恩格斯是兩個人，他們在學術研究上也有不同的側重點，所以在哲學思想上存在著差異是十分自然的。後人發現並研究這種差異正是為了更深入地理解並把握馬克思哲學的本真精神。
最先意識到馬克思和恩格斯在哲學思想上的差異的是西方馬克思主義者。比如，盧卡奇在《曆史與階級意識》（1923）中就從以下兩個方麵闡明了恩格斯與馬克思哲學思想的差異：一方麵，盧卡奇批評了恩格斯關於自然辯證法的思想，認為這一思想撇開人的活動去討論所謂自然的自身運動，不過是謝林和黑格爾的自然哲學思想的一種殘餘。盧卡奇認為，按照馬克思的觀點，自然是一個社會範疇，是以人的實踐活動為媒介的。因而自然辯證法是不存在的，唯一存在的是社會曆史辯證法。我們知道，馬克思和恩格斯在自然觀方麵的差異後來在薩特的論文《科學和辯證法》（1961）和施密特的著作《馬克思的自然概念》（1962）中得到了進一步的論述。另一方麵，盧卡奇也不同意恩格斯在《路德維希·費爾巴哈與德國古典哲學的終結》中把實踐僅僅理解為“實驗和工業”，在他看來，馬克思首先把實踐理解為革命鬥爭，理解為對現存世界的批判和改造。盧卡奇雖然說得不是很明確，但他實際上暗示，恩格斯受到了當時的實證主義思潮的影響，他主要從科學性和技術主義的角度來理解並闡釋馬克思的哲學思想，從而已經暗含著後來被第二國際的理論家推向極端的“科學的馬克思主義”的萌芽。盡管晚年盧卡奇在《社會存在本體論》（1971）中重新肯定了恩格斯關於自然辯證法的思想，但馬克思和恩格斯之間在一係列哲學問題上的差異是無法否認的。