馬克思單靠對黑格爾的辯證法作點修補是不能解決問題的，他依靠的主要是對曆史、社會學和政治經濟學等等所進行的十分具體的調查……馬克思辯證法主要是在由馬克思開墾的理論處女地上誕生的。……黑格爾和馬克思不是喝一口井裏的水。[44]
顯然，阿爾都塞也不同意馬克思在《資本論》第一卷第二版跋中提及黑格爾的辯證法時關於“神秘外殼”和“合理內核”的比喻，因為這個比喻也會使人們忽略馬克思和黑格爾的辯證法思想之間的結構性的差異。為此，他寫道：
所以，馬克思對黑格爾辯證法的“顛倒”完全不是單純地剝去外殼。如果人們清楚地看到黑格爾的辯證法結構和黑格爾的“世界觀”（即黑格爾的思辨哲學）所保持的緊密關係，那麽，要真正地拋棄這種“世界觀”，就不能不深刻地改造黑格爾辯證法的結構。否則，在黑格爾逝世已經一百五十年和馬克思逝世將近一百年後的今天，不論你是否願意，你就勢必會繼續拖著著名的“神秘外殼”這件破爛衣服。[45]
那麽，究竟應該用什麽樣的語言來表達馬克思和黑格爾思想之間的實質性差異呢？阿爾都塞又引入了兩個新的術語，即“意識形態”（ideology）和“科學”（science）。在他看來，青年馬克思的思想是在以康德、費希特、黑格爾、費爾巴哈，乃至布·鮑威爾（B.Bauer）和施蒂納（M.Stirner），尤其是以黑格爾的唯心主義哲學為基地、以費爾巴哈的哲學人本學總問題為主要表現形式的意識形態的氛圍中發展起來的。如果馬克思仍然處在這種意識形態的氛圍的支配下，那麽不論他提出多麽激進的思想，他仍然沒有超越這一意識形態的總問題。然而，馬克思不但沒有在這種意識形態的濃霧中迷失方向，恰恰相反，
[他]從意識形態的大踏步倒退中重新退回（to retreat）到起點，以便接觸事物本身和真實曆史，並正視在德意誌意識形態的濃霧中若隱若現的那些存在。沒有這一重新退回，馬克思思想解放的曆史就不能被理解；沒有這一重新退回，馬克思同德意誌意識形態的關係，特別同黑格爾的關係，就不能被理解；沒有向真實曆史的這一退回（這在某種程度上也是一種倒退），青年馬克思同工人運動的關係依然是個謎。[46]