雖然阿爾都塞的研究受到他的結構主義的背景和立場[71]的影響，然而，他畢竟啟發了我們的思路。阿爾都塞的一個重要貢獻是提出了“總問題”（problematic）這一新的、重要的概念，並把它理解為我們判斷每一種不同的理論的根本依據：
每一種理論本質上都是一個總問題，也就是說，與這一理論的研究對象相關的每一個問題的設定都植根於這一理論性的—係統性的母胎（the theoretico-systematic matrix）。[72]
阿爾都塞啟示我們，每一種理論都有自己的一個“總問題”，亦即一個問題結構，與每一種理論的研究對象相關的任何具體問題都隻能在這個結構中被提出來。當我們把兩種不同的理論，如黑格爾的理論和馬克思的理論放在一起時，判斷它們之間的關係的標準就是看它們各自的“總問題”之間的關係究竟如何。如果兩個“總問題”是一致的，這兩種理論就是一致的；如果兩個“總問題”是對立的，這兩種理論之間的關係也就是對立的。阿爾都塞還進一步把錯誤理論和正確理論分別設定為“意識形態”（ideology）和“科學”（science），由於青年馬克思的思想處在黑格爾和費爾巴哈的“總問題”的影響下，因而屬於“意識形態”；而成熟時期的馬克思形成了自己的“總問題”，因而屬於“科學”；而在青年馬克思和成熟時期的馬克思之間則存在著“一個認識論的斷裂”（an epistemological break）。
阿爾都塞的這套闡釋方案的提出確實在理論界產生了振聾發聵的影響，“總問題”的概念由於融入了結構主義的酵素，也顯得比盧卡奇的“總體性”概念具有更多的解釋權，然而，一方麵，阿爾都塞對“總問題”概念的闡述缺乏明晰性，有時候把它理解為一個問題結構或問題體係，有時候又把它理解為一個理論體係中的主導性問題，事實上，他也未運用這個概念對任何一種理論內部的問題結構做出具體的分析，而關於“理論性的—係統性的母胎”這樣的提法，表明他仍然沒有完全超越運用比喻的方式進行理論闡釋的傳統的思路；另一方麵，“意識形態”、“科學”、“認識論斷裂”這樣的提法完全否認了馬克思與黑格爾之間存在的理論繼承關係，也使我們上麵已經提及的許多理論現象無法得到合理的解釋。