在文德爾班生活的時代，實證主義的精神深刻地影響著曆史學的研究方法。對於實證主義者來說，曆史的過程在性質上與自然的過程是一樣的，自然科學的方法可以同樣運用於曆史領域。根據實證主義的曆史研究方法，曆史學家的第一個任務是確證事實，第二個任務是發現規律。在這種意義上，曆史和自然一樣，也能成為一門科學。在新康德主義曆史哲學中，文德爾班第一個站出來反對這種曆史研究方法。他從維護曆史學的自主性出發，呼籲曆史學家要按照自己的方式進行曆史研究，不要受自然科學研究方式的限製和束縛。在文德爾班看來，隻有從本質上區分開曆史和自然科學，給自然科學和曆史分別劃定研究的對象和範圍以及研究方法，才能從根本上使曆史學擺脫自然科學的束縛，獲得其獨立性、自主性，這樣才能使曆史學具有科學的性質，曆史才能作為一門科學而存在。
文德爾班認為，自然科學和曆史學是兩種性質不同的科學：對於自然科學來說，考察自然規律下的共相，講的是永遠如此的東西，是規律科學；對於曆史學來說，考察曆史規定形態下的殊相，講的是一度如此的東西，是事件科學。因而，從根本上講，自然科學是製定法則的，曆史學則是描述特征的。文德爾班認為，這兩類科學沒有必要“燃起戰火，彼此爭奪著給予人類一般的世界觀和人生觀以決定性的影響”。[34]問題的關鍵不在於爭論哪一類科學對於我們的認識的總目的更有價值，對於規律科學即自然科學來說，它提供我們實踐的價值，可以使我們預見未來，以便使我們有目的地幹預事物的進程。同樣，人類一切有目的的活動也依靠曆史認識的經驗。強調了曆史的重要性：“人是有曆史的動物。認得文化生活是一種世代相承越積越厚的曆史聯係：誰要是想參加到這個聯係中去通力協作，就必須對它的發展有所了解。隻要這個線索一斷，就必須——這是曆史本身業已證明的——努力設法把它重新接上。不管在我們這個星球的外部構造中，還是在人類世界的內部結構中，隻要發生了某種帶根本性的事變，我們今天的文化就會煙消雲散——我們可以斷言，後代將會熱心地去發掘它的遺跡，正如我們發掘古代的遺跡一樣。就是由於這些道理，人類必須背起巨大的曆史書包，當這個書包在時間曆程中變得越來越重，令人感到背不動的時候，將來的人們不會沒有辦法慎重地在無傷宏旨的範圍內把它減輕的。”[35]