1864年6月1日，天王洪秀全死了。
他是首義六王唯一的一個死於臥榻上的，所謂壽終正寢。
洪秀全得病於5月中旬，時好時壞。李秀成說：
此人之病，不食藥方，任病任好，不好亦不服藥也。……天王之病，因食甜露病起，又不肯食藥方，故而死也。
李秀成說洪秀全得病是因食草團開始得病，這是寫給曾國藩讀的。意在貶低洪秀全。其實洪秀全不會吃草團，他吃草團那是做做樣子，要圍城裏的軍民向他學習、看齊。可是很少有人相信他的“天話”，要是有多人跟著吃草團，何以不死？
洪秀全生前，兒子幼主洪天貴福每天向他請示三次。洪秀全患病後就免去了，洪天貴福因為多天未見天王，知他是得病了。但因天王並非天天上朝，天天接見重臣，所以外間人等不知道，洪仁發、洪仁達不知道，李秀成也不知道。後來才風聞得了重病。
洪秀全病死時，第二號女人、又正月宮的元配賴娘娘和兒子洪天貴福都不在身畔，洪仁發、洪仁達不在身畔，李秀成也不在身畔。
天王的遺體，是道州宮女黃某等幾人用黃緞包紮、不用棺木作安葬的。沒有什麽隆重儀式，按太平天國傳統法則，天王是升天，是回歸到上帝父親的大天堂處去了。他與皇上帝父子團圓，與大哥耶穌重聚，與天上的第一號女人、正月宮歡會，是喜事，是大好事。洪秀全死後當即下葬。
洪天貴福應當是參加了最後的葬禮。他被俘後回憶說：“十九日老子死畢，是遣女宮來葬的。葬在新天門外禦林苑東邊山上”，“屍身未用棺槨，以隨身黃服葬於宮內禦林苑山上。”
李秀成沒有參加葬禮。他是在天王死後兩天才知道的，所以他在供詞裏說洪秀全四月二十三日（6月3日）而亡。
曾國藩為邀功，把洪秀全病死改為服毒自殺。