相比朱允炆的間歇性慌亂，方孝孺畢竟年長一些，經曆過的事情多，情緒也比較穩定。他看到朱棣的上書之後，當然明白這是對方繼續在朝廷中製造矛盾與分裂的陰謀。他建議，在軍事打擊遭受嚴重挫折的情況下，如果一邊用往來書信拖住朱棣南下的步伐，另一方麵加緊備戰，重新集中四五十萬優勢兵力，選用良將北伐，豈不是良策。
方孝孺還提出了具體措施，那就是趁朱棣主力南下之機，派遣遼東守將楊文攻打永平，讓德州的盛庸繼續向北，騷擾北平，這屬於圍魏救趙之法，朱棣肯定不願意丟失大本營，隻能撤軍救援，那時候官軍主力可以在後麵追擊，將他們一舉消滅。方孝孺雖說是紙上談兵，但這一招確實看起來非常管用。方孝孺敦促朱允炆說：“大事就要成功，機不可失。”
朱允炆對方孝孺的建議非常認可，於是決定，派遣大理少卿薛岩等持詔到北平，宣布休兵。
休兵的詔書依然由方孝孺執筆。這個詔書已經被朱棣銷毀了，其大概意思是，赦免燕王父子及北平將士的罪過，使他們回歸家鄉，但不能繼續領兵，王爵重新恢複，永遠作為朝廷的藩輔。當然，這樣的條件根本無法讓朱棣滿意。朱棣折騰了這麽長時間，即使回到原來的起點，他也覺得是浪費生命。
四月十六日，薛岩攜帶詔書從南京出發，踏上了前往北平的旅程。到了目的地之後，他還悄悄命令手下人，在北平街巷和燕軍營中散發了數千張用小黃紙印的宣諭，以圖盡量讓更多人明白朝廷的寬大政策，不再追隨朱棣造反。
當薛岩呈上朱允炆的詔書後，朱棣打開仔細地看了一遍，嘴角不由得露出一絲冷笑。這個輕蔑的表情把薛岩嚇壞了。朱棣毫不客氣地說：“帝王之道，自有弘度，發號施令，昭大信於天下，怎麽能如此使詐，把祖宗基業當兒戲！”朱棣自己是搞陰謀詭計的高手，卻喜歡指責老實人朱允炆欺詐。薛岩跪在階下，心驚膽戰。朱棣突然又問說：“聖旨我看了，皇上還說了些什麽？”薛岩忙說：“隻要殿下放棄兵權，來謝孝陵，北伐的軍隊馬上撤回。”