侯安都是始興郡(今廣東韶關)人，其家為始興名門望族。侯景之亂時，始興太守陳霸先招集當地豪傑之士起兵勤王，侯安都帶三千兵甲，隨陳霸先北上，在討平侯景叛亂，消滅王僧辯及其殘餘勢力以及打退北齊進攻的戰鬥中，立有大功，是陳朝的開國元勳，陳霸先的心腹大將。
永定三年夏天，陳霸先病逝。當時陳朝政局很不穩固，外有北齊、北周的進攻，內有割據勢力的飛揚跋扈，太子陳昌被北周扣押在長安無法回來繼位，宿將重臣皆帶兵在外抵禦強敵，章皇後召中領軍杜棱、中書侍郎蔡景曆商議，決定暫不發喪，把陳霸先的侄子臨川王陳蓓從南皖前線召回，主持朝政。以待太子陳昌回來繼位。當時侯安都率軍在南皖，便隨陳蓓一起到建康。在朝臣會議上，侯安都要陳蓓繼皇帝位。陳蓓謙讓不敢當，皇後想等北周放還陳昌，不肯下令，群臣猶豫不決。侯安都按捺不住，大聲喝道：“今四方未定，不以因遠慮而忘近憂。臨川王有大功於天下，我們應當立他為皇帝，有敢反對者斬。”他提劍上殿，強迫皇後交出玉璽，擁立陳蓓。侯安都因擁戴之功被封為司空，兼南徐州刺史。
再說北周得到陳霸先死訊，便放還了陳昌，隻是因為王琳割據勢力占據長江中遊，陳昌無法回建康。陳文帝陳蓓繼位後，派太尉侯填、司空侯安都率兵消滅了王琳割據勢力，長江交通順暢了。陳昌坐船啟程回建康，並致書陳蓓。陳蓓得信悶悶不樂，召侯安都說：“太子就要到了，須給我找一個地方作養老之地了。”侯安都說：“自古哪有被代天子。臣雖愚，也不敢聽到這樣的詔令。”他自告奮勇地要求去迎接陳昌，途中，殺陳昌，謊稱是溺水而死。侯安都又被加官晉爵，成了朝廷中說一不二的人物，群臣無敢與之爭雄者。