辛亥革命在推翻滿清的問題上，並沒有多少革命黨人想到要讓帝製崩潰，從而走向五族共和。
因為，南京建立的主要是光複漢族的政權，而漢族政權從堯舜結束之後，一直是家天下的族國專製政權。
而在沒有推倒滿清之前，革命黨人與立憲黨人就要擁立主張虛君共和製的袁世凱，正在大家準備彈冠相慶時，孫中山出現了。
他雖然主持了繼續議和的臨時政府，但他從心裏並不想與滿清議和，他還是想用革命手段推翻，但遭到百分之九十九點九九的反對。反對派都主張與袁世凱議和。
孫中山在南京時刻被反對派們包圍。
他欲實行“革命方略”，不能；他欲實行“三民主義”，被視為“理想太高”。
孫中山“忝為總統，乃同木偶”一般。
在他就職第三天，臨時政府的各省代表選舉黎元洪為副總統。但黎並未赴任。
1月4日，袁世凱致電南方議和代表、司法部總長伍廷芳，表示否認中華民國臨時政府，堅持君主立憲。
1月10日，參議院議決，以五色旗為國旗，十八星旗為陸軍旗，青天白日旗為海軍旗。
1月11日，孫中山斷然宣布自任北伐軍總指揮，並委派黃興為北伐軍陸軍總長兼參謀長，鈕永建為副參謀。一起製訂六路北伐的作戰計劃。
因籌措軍費問題，孫中山隻得促成盛宣懷的漢冶萍公司、日本三井物產株式會社與臨時政府合作，由漢冶萍公司借500萬元應付現金若幹，其餘作為政府向三井物產株式會社購買武器與軍火之需，並在南京簽訂了合同。日本政府聞悉，還答應1000萬元，同意孫中山中止與滿清和議。
孫中山在向日本財界公開表示：
實際上，我們已不是在與滿清政府和談，而是在與袁世凱先生和談，但他的和談條件還是專製君主的，而不是民主共和的，故我們拒絕與袁先生談判。為了中止與袁先生和議，我們希望將滿洲委托給你們日本管理，隻惟貴國給予中華民國臨時政府進行繼續革命之援助。